【问题标题】:how to write single CSV file from multiple (several thousand) netcdf files in R如何从 R 中的多个(数千个)netcdf 文件中写入单个 CSV 文件
【发布时间】:2019-01-17 19:18:25
【问题描述】:

我正在尝试从数千个 netcdf 文件中获取单个 csv 文件,其中每个文件代表一个时间点。这些文件包含时间、纬度、经度和 4 个不同的天气变量。我的想法是将文件合并到一个 netcdf 文件中,然后我可以从中编写一个 csv 文件,但我不确定如何用简单的代码合并 29000 个文件,而不必一遍又一遍地写入文件名。

【问题讨论】:

    标签: r export-to-csv netcdf cdo-climate


    【解决方案1】:

    使用 netCDF 运算符。 cdonco

    要将您的文件及时与cdo 合并,只需:

    cdo mergetime input_files output_file
    

    并使用 nco(根据 https://linux.die.net/man/1/ncrcat):

    ncrcat input_files outputfile
    

    您可以使用通配符* 指定input_files。基本上,如果您的数千个文件被命名为:file_000001.nc,file_000002.nc,...,file_vwxyz.nc,请执行以下操作:

    cdo mergetime file_* files.nc
    

    另一种方法是遍历文件名并使用 r 或您正在使用的任何工具执行所有操作。不过,cdo 或 nco 是解决您的问题的正确工具。

    【讨论】:

    • 我使用的是 windows 而不是 linux。
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