在 R studio 中拆分和写入 txt 文件时出错答案

【问题标题】：Error in splitting and writing txt files in R studio在 R studio 中拆分和写入 txt 文件时出错
【发布时间】：2020-09-23 19:17:09
【问题描述】：

我有这个大文件名 Objects_Population - AllCells.txt 大约 3GB，该文件有 25704373 行和 132 个变量。我想读取文件并根据一个变量拆分行，该变量是名为treatmentsum 的列。在本专栏中，我有不同条件（3S 或 UNS）下的实验性药物治疗，即用“_”链接的字符串。因此拆分会将所有具有相同处理的行放在一起。拆分文件后，我想写出拆分文件并使用处理和给出文件名。

我的代码如下：

#load libraries
library(tidyverse)
library(vroom)
library(dplyr)
library(stringr)

#read in the file, skip the first 9 rows
files<-vroom("Objects_Population - AllCells.txt", delim = "\t",skip = 9,col_names = T)

#split the files based on treatmentsum
splited<- files %>% 
  group_split(files$treatmentsum)

#write out the splitted files
output<- lapply(splited, function(i){
  for (i in 1:length(splited)) {
    write.table(splited[[i]][,1:131],file=paste(unique(splited[[i]]$treatmentsum),".txt"), sep="\t", row.names=FALSE)

  }
 })

因此，当我运行它时，文件读取正确，并且拆分工作正常并且处理按预期吐出，即我得到一个 1092 的列表（显示在环境中），每个列表都包含具有相同处理的行.然而，代码每次写给我 233 个文件后都会死掉。我已经截图了错误，生成的所有文件都是3S，没有生成UNS文件（在右下角文件目录截图中可以看到）。有人可以帮我解决这个问题并让我知道错误的含义吗？

【问题讨论】：

尝试在循环中打印出paste(unique(splited[[i]]$treatmentsum),".txt") 的值。您确定每次都提供有效的文件名吗？没有任何形式的reproducible example 很难提供帮助
@MrFlick 嗨，对于草率的工作感到抱歉。我不知道如何呈现完整文件，因为最小/采样可能没有涵盖问题。我正在尝试对文件进行子采样，看看是否可行。我按照您的建议打印了名称，按预期打印了 1092 个不同的名称。
@MrFlick 仍然无法正常工作。嗯，可以直接给你发消息或者给你发送一个子采样文件来测试吗？
@MrFlick 实际上我想我明白了，听我说完。新的 txt 文件名包含“/”（感谢生物学），从我阅读的内容来看，这可能会导致写入时出现问题。所以我 gsub 了 /，它现在正在写入超过 233 个文件。

标签： r file-writing filesplitting txt

【解决方案1】：

我想出了一些文件名，因为治疗的名称会在其中包含“/”。灵感来自https://stackoverflow.com/a/49647853/12362355

library(tidyverse)
library(vroom)
library(dplyr)
library(stringr)
files<-vroom("Objects_Population - AllCells.txt", delim = "\t",skip = 9,col_names = T)


splited<- files %>% 
  group_split(files$treatmentsum)



output<- lapply(splited, function(i){
  for (i in 1:length(splited)) {
    write.table(splited[[i]][,1:131],file=paste0(gsub("/","",unique(splited[[i]]$treatmentsum)),".txt"), sep="\t", 
row.names=FALSE)

  }
 })

【讨论】：