我们可以将 cor 的一些参数与其他统计数据（如 RMSE）一起使用吗？答案

【问题标题】：can we use some of the arguments of cor with other statistics like RMSE?我们可以将 cor 的一些参数与其他统计数据（如 RMSE）一起使用吗？
【发布时间】：2013-01-25 10:42:39
【问题描述】：

在cor函数中，有一个很棒的参数“使用”（例如：use="na.or.complete"）

我尝试在计算 RMSE 或偏差时使用相同的参数。它似乎不起作用。我想知道我们可以用什么代替。

RMSE <- function(x, y){
sqrt(mean((x-y)^2))}
RMSE(x,y, use = "na.or.complete")
Error in RMSE(x,y, use = "na.or.complete") : 
unused argument(s) (use = "na.or.complete")

【问题讨论】：

标签： r correlation

【解决方案1】：

计算均方根误差的平均函数有一个na.rm 参数，你可以这样使用它：

RMSE <- function (pred,obs,na.rm=FALSE){
   sqrt(mean((pred - obs)^2, na.rm = na.rm))
}

na.rm 参数可用于模拟 na.or.complete 行为，因为在几乎情况下，使用 na.or.complete 选项等效于从原始对中删除 NA 值。例如：

swM <- swiss[,1:2]
swM[1,2] <-  NA 
swM[1,1] <-  NA 
identical(cor(swM, use = "na.or.complete"),
          cor(na.exclude(swM), use = "all"))
TRUE

使用 RMSE

swM[1,2] <-  NA 
swM[1,1] <-  NA 
identical(RMSE(swM[,1],swM[,2],na.rm=T),
          RMSE(swM[,1],swM[,2],na.rm=F))
 FALSE

EDIT 将非常小的值设置为 NA

我不知道您如何存储数据。但我假设你有一个带有变量 x 的 data.table。你可以这样做：

 dat$x[dat$x <= -3.4e+38] <- NA

【讨论】：

@Barry 不，你不应该得到相同的结果。看我的例子。
@Barry 你误解了NA。 R 中的 NA 用于缺失值，但 -3.400000e+38 很难看，但它存在，没有丢失。你所有的“NA”都等于 -3.400000e+38 吗？
这个对话框需要一个可重现的例子！
@agstudy 是这样的，但不是那样的。在data.table 中，应为dat[x <= -3.4e+38, x:=NA]，以避免像data.frame 那样复制整个dat。

【解决方案2】：

简而言之，不。您必须将use= 参数引用到cor 的原因是它指定了一个字符参数，用于在内部决定算法之间的决定。它不传递函数。如果你在命令提示符下输入cor，你会看到一行：

na.method <- pmatch(use, c("all.obs", "complete.obs", "pairwise.complete.obs", 
        "everything", "na.or.complete"))

然后是na.method上的一堆if声明。

不过，您可以通过在函数签名中添加 ,use= 参数来编写自己的等效项：

RMSE <- function(x, y, use="all") {
   if(use=="all") # Do stuff
   if(use=="na.or.complete") # Do other stuff
   sqrt(mean((x-y)^2))
}

您甚至可以将代码基于 cor 代码——这是开源软件的乐趣之一！

【讨论】：