如何在迭代中使用 mutate 函数答案

【问题标题】：How to use mutate function in iteration如何在迭代中使用 mutate 函数
【发布时间】：2020-08-21 06:58:22
【问题描述】：

我想在数据框中搜索主题列表。这里我附上示例数据集和代码。

Gene_and_Promoter <- tibble::tribble(
                     ~Gene,                                                ~Promoter,
                   "Gene1", "AGTCACGTGCGTGCATACGTGCAAATTGGGCGTACGTGGCTATCTCAACTATCH",
                   "Gene2",  "AACGTGGCGTGGCAGTGCACGTGCCAGTTGTCCCGCAGTGTGCATACTACTCT",
                   "Gene3",   "ACTGGCTACGTGCTGCAATGCGTGCGTAGTGCGTACCAAAGTTAAACCGGCG",
                   "Gene4",   "GCAATACGTGCAAGTGCGTGTACGTGCGTGATGTCGTACGTAACCGGCCGGT",
                   "Gene5",     "ATACGTGCGTCGTACGTGCGTACTAATACATACATCATAATTTAAACCCG",
                   "Gene6",          "GGGGGAATCTCGTTCCTACGTCAAGGATAGATGCTGATAGTCGTA"
                   )
Motifs <- tibble::tribble(
             ~MOTIF,
            "CGTGC",
           "GGAATA",
             "CCAG",
            "CGTA"
           )


 Gene_and_Promoter %>% 
  mutate(CGTGC = vcountPattern("CGTGC",DNAStringSet(Gene_and_Promoter$Promoter))) %>% 
  mutate(GGAATA = vcountPattern("GGAATA",DNAStringSet(Gene_and_Promoter$Promoter))) %>%
  mutate(CCAG = vcountPattern("CCAG",DNAStringSet(Gene_and_Promoter$Promoter))) %>% 
  mutate(CGTA = vcountPattern("CGTA",DNAStringSet(Gene_and_Promoter$Promoter)))

上述代码提供了所需的输出（Motif 在启动器中存在）。

我可以通过减少使用 mutate 的次数来优化上面的代码吗？（可能通过迭代）

【问题讨论】：

标签： r tidyr

【解决方案1】：

这是一种类似于@det 的回答的可能性，但在 tidyverse 中......

library(tidyverse)

pat <- c("CGTGC", "GGAATA", "CCAG", "CGTA")

# set names so that map_df() keeps them...
lpat <- as.list(pat) %>%
  set_names(., pat)

dd <-
  Gene_and_Promoter %>%
  mutate(across(Promoter, ~map_df(lpat, ~ vcountPattern(., DNAStringSet(Promoter))))) %>%
  as.list() %>%
  bind_cols() %>%
  full_join(Gene_and_Promoter, .)

【讨论】：

【解决方案2】：

如果不深入了解函数DNAStringSet，很难说。也许尝试这样的事情：

library(data.table)
library(purrr)

vec <- DNAStringSet(Gene_and_Promoter$Promoter)
Motifs <- c("CGTGC", "GGAATA", "CCAG", "CGTA")

setDT(Gene_and_Promoter)
Gene_and_Promoter[, (Motifs) := map(Motifs, ~vcountPattern(.x, vec))]

【讨论】：