在“|”上单独使用 tidyr 的问题答案

【问题标题】：Problems using tidyr separate on "|"在“|”上单独使用 tidyr 的问题
【发布时间】：2018-12-10 20:06:52
【问题描述】：

我有一个像这样的对象lncRNA_lengths：

> lncRNA_lengths
# A tibble: 1,071 x 3
  tx_name                   Length Type  
  <chr>                      <int> <chr> 
1 align_id:155048|asmbl_67     205 lncRNA
2 align_id:155049|asmbl_68     228 lncRNA
3 align_id:155143|asmbl_162    524 lncRNA
4 align_id:155148|asmbl_167    344 lncRNA
5 align_id:155226|asmbl_245    386 lncRNA
6 align_id:155265|asmbl_284    825 lncRNA
7 align_id:155270|asmbl_289    292 lncRNA
8 align_id:155331|asmbl_350    216 lncRNA
9 align_id:155332|asmbl_351   1152 lncRNA
10 align_id:155344|asmbl_363    243 lncRNA
# ... with 1,061 more rows

我想将“|”上的 tx_name 列分开象征。我试过这个：

lncRNA_lengths %>% 
  separate(tx_name, c("ID", "asmbl", sep = "\\|"))

但是我得到了这个输出：

# A tibble: 1,071 x 5
   ID    asmbl `\\|`  Length Type  
   <chr> <chr> <chr>   <int> <chr> 
 1 align id    155048    205 lncRNA
 2 align id    155049    228 lncRNA
 3 align id    155143    524 lncRNA
 4 align id    155148    344 lncRNA
 5 align id    155226    386 lncRNA
 6 align id    155265    825 lncRNA
 7 align id    155270    292 lncRNA
 8 align id    155331    216 lncRNA
 9 align id    155332   1152 lncRNA
10 align id    155344    243 lncRNA
# ... with 1,061 more rows
Warning message:
Expected 3 pieces. Additional pieces discarded in 1071 rows [1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, ...].

创建了三列而不是两列，但我不明白错误消息...

【问题讨论】：

我想你的意思是separate(tx_name, c("ID", "asmbl"), sep = "\\|") 注意sep= 不在c() 中，它应该在separate() 中。如果您将数据包含在 reproducible format 中，则更容易为您提供帮助
当然！没注意到...谢谢！

标签： r tidyr

【解决方案1】：

这个应该可以，先做假数据：

df <- data.frame(tx_name = "align_id:155048|asmbl_67",length = 205, type = "lncRNA")

然后将其分开并创建列

df <- separate(df, col = tx_name, sep = "\\|", into = c("ID", "asmbl"))

你基本上没有把向量关进去

【讨论】：