如何使用此数据框绘制 3-d 图答案

【问题标题】：How can I draw 3-d plot with this dataframe如何使用此数据框绘制 3-d 图
【发布时间】：2020-06-22 14:33:30
【问题描述】：

我编辑了问题：

我的数据是这样的

       m/z    300  301  302  303  …  1249
Rt
7.01            0    0    0   2.34 …  0 
7.23            0    19.29 0  0    …  0     
7.34            2.43 0    0   0    …  2.34 
7.46            0    10.32 2.31 0  …  0
.
.
33.1314            0     0    24242.23 0  0

我想绘制 3d 图，其中 x = m/z（300 到 1249）y= R/t（7.01 到 33.1314）和 z = 表中不为 0 的值（强度），z 为高度在 3d 绘图上。

【问题讨论】：

查看plt.contourf 以从原始数据中绘图。此外，为了重塑数据，stack() 并过滤非零值。

标签： python r pandas reshape

【解决方案1】：

试试这个

import pandas as pd

df = pd.DataFrame(
    data=[[300, 7.0034],
          [300, 10.232],
          [0, 999.9],
          [301, 7.00023],
          [301, 7.00046]],
    columns=['wavelength', 'm/z'],
)
non_zero_df = df[df.wavelength!=0]

使用matplotlib

import matplotlib.pyplot as plt

plt.scatter(non_zero_df['wavelength'], non_zero_df['m/z'])
plt.show()

使用plotly

import plotly_express as px

px.scatter(non_zero_df, x='wavelength', y='m/z')

【讨论】：

【解决方案2】：

R中的一个解决方案。

假设您的数据如下所示（仅显示m/z 的前两位数字）：

> df
# A tibble: 5 x 6
  `m/z` `300` `301`    `302` `303` `1249`
  <dbl> <dbl> <dbl>    <dbl> <dbl>  <dbl>
1  7.00  0      0       0     2.34   0   
2  8.00  0     19.3     0     0      0   
3  9.00  2.43   0       0     0      2.34
4 10.0   0     10.3     2.31  0      0   
5 33.1   0      0   24242.    0      0

我们可以使用dplyr 和tidyr：

df %>%
  pivot_longer(cols=matches("\\d+"), names_to="x", names_transform=list(x = as.integer)) %>%
  group_by(`m/z`) %>%
  filter(value != 0) %>%
  slice_min(x)

获得

# A tibble: 5 x 3
# Groups:   m/z [5]
  `m/z`     x    value
  <dbl> <int>    <dbl>
1  7.00   303     2.34
2  8.00   301    19.3 
3  9.00   300     2.43
4 10.0    301    10.3 
5 33.1    302 24242.

接下来我们使用ggplot2 来获取散点图：

ggplot(df2, aes(x=x, y=`m/z`, color=value)) + 
  geom_point()

【讨论】：