R、fftw 和包括问题

Question

我正在尝试安装包Rcartogram，这取决于fftw。由于这个问题/答案，我在 Ubuntu 上安装 fftw 没有问题：How to install the fftw3 package of R in ubuntu 12.04?

library(fftw)

运行良好，我拥有所有必需的库并包括：

root@DUS-WKS-B2011:~# ls /usr/include/fftw*
/usr/include/fftw3.f    /usr/include/fftw3.h     /usr/include/fftw3q.f03
/usr/include/fftw3.f03  /usr/include/fftw3l.f03

还有图书馆：

root@DUS-WKS-B2011:~# ls /usr/lib/x86_64-linux-gnu/*fftw* 
/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3.a                  /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3l_threads.so.3.4.4
/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3f.a                 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3_omp.a
/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3f_omp.a             /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3_omp.so
/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3f_omp.so            /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3_omp.so.3
/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3f_omp.so.3          /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3_omp.so.3.4.4
/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3f_omp.so.3.4.4      /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3q.a
/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3f.so                /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3q_omp.a
/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3f.so.3              /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3q_omp.so
/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3f.so.3.4.4          /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3q_omp.so.3
/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3f_threads.a         /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3q_omp.so.3.4.4
/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3f_threads.so        /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3q.so
/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3f_threads.so.3      /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3q.so.3
/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3f_threads.so.3.4.4  /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3q.so.3.4.4
/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3l.a                 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3q_threads.a
/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3l_omp.a             /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3q_threads.so
/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3l_omp.so            /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3q_threads.so.3
/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3l_omp.so.3          /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3q_threads.so.3.4.4
/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3l_omp.so.3.4.4      /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3.so
/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3l.so                /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3.so.3
/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3l.so.3              /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3.so.3.4.4
/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3l.so.3.4.4          /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3_threads.a
/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3l_threads.a         /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3_threads.so
/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3l_threads.so        /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3_threads.so.3
/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3l_threads.so.3      /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3_threads.so.3.4.4

当我想安装 Rcartogram 时，问题就开始了。原站挂了，还好他们把所有代码都移到了github：https://github.com/omegahat/Rcartogram。那时更容易安装，我想！不幸的是，

install_github("omegahat/Rcartogram")

给出以下错误：

> install_github("omegahat/Rcartogram")
Downloading GitHub repo omegahat/Rcartogram@master
from URL https://api.github.com/repos/omegahat/Rcartogram/zipball/master
Installing Rcartogram
'/usr/lib/R/bin/R' --no-site-file --no-environ --no-save --no-restore CMD  \
  INSTALL '/tmp/Rtmp3BpPB1/devtools5fd876a8a4b4/omegahat-Rcartogram-715cb93'  \
  --library='/usr/local/lib/R/site-library' --install-tests 

* installing *source* package ‘Rcartogram’ ...
checking for pkg-config... /usr/bin/pkg-config
Looking for fftw3 files in /usr/local
Cannot find fftw.h
ERROR: configuration failed for package ‘Rcartogram’
* removing ‘/usr/local/lib/R/site-library/Rcartogram’
Error: Command failed (1)

错误消息很清楚，它正在寻找 /usr/local 中的包含，但它们在 /usr/include 中。我如何告诉 R 在/usr/include 中搜索它们？我需要像-I/usr/include 这样的东西，但是

install_github("omegahat/Rcartogram", args = c('--configure-vars="-I/usr/include"'))

或类似的尝试没有奏效。

我正在运行 64 位的 Ubuntu 14.10。

Answer 1

试试 install_github("omegahat/Rcartogram", args = c('--configure-vars="--with-fftw3=/usr"'))

自从 https://github.com/omegahat/Rcartogram/blob/master/configure.in,

if test -r $FFTW3_DIR/include/fftw3.h ; then
    PKG_CPPFLAGS="-I$FFTW3_DIR/include/"
    ...
fi;

在https://github.com/omegahat/Rcartogram/blob/master/configure

# Check whether --with-fftw3 or --without-fftw3 was given.
if test "${with_fftw3+set}" = set; then
    withval="$with_fftw3"
    FFTW3_DIR="$withval"
fi;