有人可以引导我完成 plotMA 功能吗？

【问题标题】：Would someone be able to walk me through plotMA function?有人可以引导我完成 plotMA 功能吗？
【发布时间】：2021-02-04 21:16:53
【问题描述】：

这听起来有点愚蠢，但我是 R 的新手，我需要用我得到的一些 DE-Seq 数据制作 MA Plot。

这是部分数据的示例：

gene name	Mean	log2foldchange	padj
dop-1	110.53	0.27	0.20
dop-2	208.23	0.36	0.04
dop-3	158.59	0.61	0.01

如果有人能善意地指导我完成如何执行此操作的步骤，我将永远感激不尽。我已经尝试过自己，但遇到了无数错误，例如：

.local(object, ...) 中的错误：当使用 data.frame 调用时，plotMA 期望数据框有 3 列，其中两列表示平均值和对数倍数变化，另一列表示显着性。

任何帮助将不胜感激:)

亲切的问候，山姆

【问题讨论】：

标签： r plot genome

【解决方案1】：

从help("plotMA") 中，我们了解到plotMA() 需要一个恰好包含 3 列的 data.frame：均值、对数倍数变化和一个表示重要性的逻辑列。

您有均值、对数倍数变化和调整后的 p 值。所以你需要做一个重要性列：

data$sig <- data$padj < 0.05

现在您可以将这三列传递给plotMA：

library(DESeq2)
plotMA(data[,c("Mean","log2foldchange","sig")])

样本数据：

data <- structure(list(gene_name = c("dop-1", "dop-2", "dop-3"), Mean = c(110.53, 
208.23, 158.59), log2foldchange = c(0.27, 0.36, 0.61), padj = c(0.2, 
0.04, 0.01)), row.names = c(NA, -3L), class = "data.frame")

【讨论】：