在for循环中通过字符模式（grepl）对数据帧的行进行子集[重复]

Question

我试图通过删除包含某些字符模式的行来对数据帧进行子集化，这些字符模式存储在向量中。我的问题是只从我的数据框中删除了向量的最后一个模式。如何让我的循环迭代地工作，以便从我的数据框中删除存储在向量中的所有模式？

模拟输入：

df<-data.frame(organism=c("human_longname","cat_longname","bird_longname","virus_longname","bat_longname","pangolian_longname"),size=c(6,4,2,1,3,5))
df
   organism            size
1     human_longname     6
2       cat_longname     4
3      bird_longname     2
4     virus_longname     1
5       bat_longname     3
6 pangolian_longname     5

使用的代码和输出：

vectors<-c("bat","virus","pangolian")
for(i in vectors){df_1<-df[!grepl(i,df$organism),]}
df_1
  organism             size
1    human_longname      6
2      cat_longname      4
3     bird_longname      2
4    virus_longname      1
5      bat_longname      3

预期输出

df_1
  organism             size
1    human_longname      6
2      cat_longname      4
3     bird_longname      2

Answer 1

你可以试试这个：

df[!df$organism %in% c("bat","virus","pangolian"),]

  organism size
1    human    6
2      cat    4
3     bird    2

更新：基于新数据，这里使用grepl() 的方法。这些函数可用于避免循环：

#Vectors
vectors<-c("bat","virus","pangolian")
#Format
vectors2 <- paste0(vectors,collapse = '|')
#Avoid loop
df[!grepl(pattern = vectors2,df$organism),]

        organism size
1 human_longname    6
2   cat_longname    4
3  bird_longname    2

也只是出于好奇，这里可能不是最佳循环来执行创建新数据框和索引的相同任务：

#Create index
index <- c()
#Loop
for(i in 1:dim(df)[1])
{
  if(grepl(vectors2,df$organism[i])==F) 
  {
    index <- c(index,i)
  }
  ndf <- df[index,]
}

ndf

        organism size
1 human_longname    6
2   cat_longname    4
3  bird_longname    2