创建具有特定数据格式的关联图答案

【问题标题】：creating an incidence plot with specific data format创建具有特定数据格式的关联图
【发布时间】：2020-12-12 21:32:15
【问题描述】：

我正在尝试使用发病率（）命令创建发病率图和流行曲线。我有以下数据where I should be using data_use (class = Date) and new_case (class = int) for the plot。我正在使用以下代码：

library(incidence)

i <- incidence(outbreak, interval = 1)

plot(i, border = "white")

但是，我收到一个错误：is.finite(x) 中的错误：当我运行第二行时，没有为类型“列表”实现默认方法。有没有办法使用这种数据格式和命令创建关联图？感谢您的帮助！

附： Here is an example of the plot I am trying to generate

【问题讨论】：

标签： r plot

【解决方案1】：

我相信这与 incidence 函数期望的参数有关。根据帮助?incidence第一个参数dates是：

日期向量，可以作为类的对象提供：整数、数字、日期、POSIXct、POSIXlt 和字符。（见说明关于数字和字符格式）

不完全清楚outbreak 是否是，但大概是包含图像中数据的数据框（列列表）？错误消息可能来自提供数据框而不是日期向量。

如果您确实有一个数据框，例如示例：

     date_use total_cases new_case
1  2020-03-01         168       25
2  2020-03-02         187       19
3  2020-03-03         200       13
4  2020-03-04         219       19
5  2020-03-05         252       33
6  2020-03-06         295       43
7  2020-03-07         336       41
8  2020-03-08         383       47
9  2020-03-09         470       87
10 2020-03-10         566       96
11 2020-03-11         698      132

您可以根据date_use 和new_case 创建日期向量：

my_dates <- rep(df$date_use, df$new_case)

table(my_dates)
my_dates
2020-03-01 2020-03-02 2020-03-03 2020-03-04 2020-03-05 2020-03-06 2020-03-07 2020-03-08 2020-03-09 
        25         19         13         19         33         43         41         47         87 
2020-03-10 2020-03-11 
        96        132

那么你可以使用incidence如下创建关联对象：

i <- incidence(my_dates, interval = 1)

i
<incidence object>
[555 cases from days 2020-03-01 to 2020-03-11]

$counts: matrix with 11 rows and 1 columns
$n: 555 cases in total
$dates: 11 dates marking the left-side of bins
$interval: 1 day
$timespan: 11 days
$cumulative: FALSE

然后绘制：

plot(i, border = "white")

【讨论】：