邻居加入算法输出

Question

我正在尝试实现邻居连接算法，目前我已经让它正常工作，在每一步计算正确的长度并输出正确的值。

但是，我正在努力获得算法的最终输出，我需要它来输出整体计算的矩阵表示，因为我想将它直观地表示为图形。通过算法主循环的每次迭代，我得到一个节点子组，这些节点可以追溯到算法的开始，但我不相信这个子组可以使用，因为它包含我无法真正做到的冗余信息指定最终表示中是否需要。

我在这里使用这个算法：http://en.wikipedia.org/wiki/Neighbor_joining#The_algorithm 任何帮助都会很棒，如果需要，我可以提供更多信息，谢谢。

Answer 1

我已阅读您提供的链接，在我看来您确实需要这些信息。

算法的每一步都将 2 个节点合并为 1 个节点，从而使您的距离矩阵更小，直到所有节点都合并为止。您需要记住合并到其结果节点的节点的距离。如果合并 A 和 B，则距离矩阵的列/行将替换为属于新节点 u 的列/行。你需要记住 A 和 B 到 u 的距离。

一切都合并后，你应该有所有必须连接的节点的所有距离，你可以开始可视化了。