如何转换邻接表中的对称矩阵？答案

【问题标题】：How to convert a symmetric matrix in an adjacency list?如何转换邻接表中的对称矩阵？
【发布时间】：2015-02-18 01:46:20
【问题描述】：

我想知道从 R 中的邻接矩阵创建邻接列表的最快方法是什么。我目前正在使用 for-for 方法，但由于我必须处理大矩阵，因此最快的方法会有所帮助.

一个示例矩阵：

预期的邻接列表：

A B 2
A C 3 
A D 4
B C 2
B D 3
C D 2

以下是涵盖我当前代码的testthat 测试：

test_that("Matrix to List", {
  mat <- matrix(c(1,2,3,4,
                  2,1,2,3,
                  3,2,1,2,
                  4,3,2,1), ncol=4)
  colnames(mat) <- rownames(mat) <- letters[1:4]
  adj <- matrixToAdjacencyList(mat)
  expected <- data.frame(Columns=c("a", "a", "a", "b", "b", "c"),
                            Rows=c("b", "c", "d", "c", "d", "d"),
                           Value=c(2,3,4,2,3,2))
  expect_identical(adj, expected)
})

非常感谢。

【问题讨论】：

标签： r algorithm matrix

【解决方案1】：

您可以将matrix 视为table 并使用data.frame 方法。

mat[lower.tri(mat, diag = TRUE)] <- NA
na.omit(data.frame(as.table(mat)))
#    Var1 Var2 Freq
# 5     A    B    2
# 9     A    C    3
# 10    B    C    2
# 13    A    D    4
# 14    B    D    3
# 15    C    D    2

从这里开始，只需清理您的 dimnames 并重新排序您的输出，以获得您想要的 testthat 的确切输出。

(或者，在第一行使用upper.tri而不是lower.tri，然后将列顺序更改为c(2, 1, 3)以获得正确的列顺序--可能比订购多行更有效。）

【讨论】：