Python - 在 Pandas 的 Apply 函数中获取值的索引答案

【问题标题】：Python - Get the Indexes of a value on Pandas' Apply functionPython - 在 Pandas 的 Apply 函数中获取值的索引
【发布时间】：2017-04-05 00:14:31
【问题描述】：

我必须重新编码一些我必须编码的单倍型。我将它们放在 305 行和 129902 列的 Pandas DataFrame 上，它看起来像这样（只有一列和 20 行）：

rs#                                                  rs12914615  
SNPalleles                                                  C/T  
chrom                                                     chr15  
pos                                                    98259206  
strand                                                        +  
genome_build                                           ncbi_B36  
center                                               affymetrix  
protLSID      urn:LSID:affymetrix.hapmap.org:Protocol:Genome...  
assayLSID     urn:LSID:affymetrix.hapmap.org:Assay:SNP_A-837...  
panelLSID         urn:lsid:dcc.hapmap.org:Panel:CEPH-30-trios:1  
QC_code                                                     QC+  
NA06985                                                      CT  
NA06991                                                      CT  
NA06993                                                      CT  
NA06993.dup                                                  CC  
NA06994                                                      CC  
NA07000                                                      CC  
NA07019                                                      CT  
NA07022                                                      CT

我们的想法是比较每个个体 (NA06...) 的值是否具有与野生型相同的两个核苷酸（SNPalleles 行的第一个字母），否则，对其进行相应编码。

我的问题是我不知道如何迭代数据框，同时引用同一列中其他行上的 Wildtype。

输出应该是这样的：

NA06985                                                      1  
NA06991                                                      1  
NA06993                                                      1  
NA06993.dup                                                  0  
NA06994                                                      0  
NA07000                                                      0  
NA07019                                                      1  
NA07022                                                      1

0 是野生型（该基因的 CC），1 是杂合子 (CT)，2 是突变纯合子 (TT)。

感谢您的帮助。

【问题讨论】：

标签： python pandas numpy dataframe apply

【解决方案1】：

df.filter(
    like='NA', axis=0
).eq(df.loc['SNPalleles'].str.replace('/', '')).astype(int)

             rs12914615
rs#                    
NA06985               1
NA06991               1
NA06993               1
NA06993.dup           0
NA06994               0
NA07000               0
NA07019               1
NA07022               1

【讨论】：

您的代码返回：“ValueError: cannot reindex from duplicate axis”。