按条件对 R 矩阵的行和列进行排序

Question

我在 R 中有一个这样的矩阵：

  A B C D E F
A 2 5 0 1 3 6
B 5 0 0 1 5 9
C 0 0 0 0 0 1
D 6 1 1 3 4 4
E 3 1 5 2 1 6
F 0 0 1 1 7 9

mat = structure(c(2L, 5L, 0L, 6L, 3L, 0L, 5L, 0L, 0L, 1L, 1L, 0L, 0L, 
0L, 0L, 1L, 5L, 1L, 1L, 1L, 0L, 3L, 2L, 1L, 3L, 5L, 0L, 4L, 1L, 
7L, 6L, 9L, 1L, 4L, 6L, 9L), .Dim = c(6L, 6L), .Dimnames = list(
    c("A", "B", "C", "D", "E", "F"), c("A", "B", "C", "D", "E", 
    "F")))

矩阵不对称。

我想根据以下条件对行和列重新排序：

NAME TYPE
A    Dog
B    Cat
C    Cat
D    Other
E    Cat
F    Dog

crit = structure(list(NAME = c("A", "B", "C", "D", "E", "F"), TYPE = c("Dog", 
"Cat", "Cat", "Other", "Cat", "Dog")), .Names = c("NAME", "TYPE"
), row.names = c(NA, -6L), class = "data.frame")

我正在尝试对矩阵行和列进行重新排序，以便将每个类别组合在一起：

 A F B C E D
A
F
B
C
E
D

我无法找到任何合理的方法来做到这一点。

如果它很重要，或者让事情变得更简单，我可以去掉“Others”这个类别，只用“Cat”和“Dog”。

我需要找到一种方法来编写代码以实现这种重新排序，因为矩阵非常大。

Answer 1

在基础中，只需按order 索引：

mat[order(crit$TYPE), order(crit$TYPE)]
#
#   B C E A F D
# B 0 0 5 5 9 1
# C 0 0 0 0 1 0
# E 1 5 1 3 6 2
# A 5 0 3 2 6 1
# F 0 1 7 0 9 1
# D 1 1 4 6 4 3

它按字母顺序排列crit$TYPE，因此Cat（B、C 和E）排在Dog（A 和F）之前。如果要设置顺序，请使用因子级别：

mat[order(factor(crit$TYPE, levels = c('Dog', 'Cat', 'Other'))), 
    order(factor(crit$TYPE, levels = c('Dog', 'Cat', 'Other')))]
# 
#   A F B C E D
# A 2 6 5 0 3 1
# F 0 9 0 1 7 1
# B 5 9 0 0 5 1
# C 0 1 0 0 0 0
# E 3 6 1 5 1 2
# D 6 4 1 1 4 3