R：如何更改矩阵数组？ [关闭]答案

【问题标题】：R: How can I change a matrix array? [closed]R：如何更改矩阵数组？ [关闭]
【发布时间】：2013-07-31 00:11:00
【问题描述】：

我有一个矩阵，比如：

"aaa" 28
"aac" 8
"aag" 20

我想用“K”替换“aaa”，用“N”替换“aac”，用“K”替换“aag”。我如何使用 R 来做到这一点？

【问题讨论】：

@agstudy：我把第一列定义为向量，然后用$来替换，但是没用。
我对你的新例子有点困惑 (aag -> G);如果您可以提供有关生物信息学目标的一些背景信息，那么Biostrings 包可能可以轻松实现...

标签： r matrix sequence bioinformatics

【解决方案1】：

这里有很多选择。不幸的是，您没有表现出任何努力来解决问题，甚至没有使问题变得清晰和可重复。例如，使用ifelse：

dat <- read.table(text='"aaa" 28
                  "aac" 8
                  "aag" 20')
dat$V1 <- with(dat,ifelse(V1 %in% c('aaa','aag'),'K','N'))
dat
  V1 V2
1  K 28
2  N  8
3  K 20

编辑如果我想用“K”替换“aaa”，用“N”替换“aac”，用“G”替换“aag”：

dat$V1 <- with(dat,ifelse(V1 == 'aaa',
                          'K',
                          ifelse(V1=='aac','N','G')))
 dat
  V1 V2
1  K 28
2  N  8
3  G 20

【讨论】：

@agstudy：我试着简单地问我的问题。如果我想用“K”替换“aaa”，用“N”替换“aac”，用“G”替换“aag”，我应该如何更改代码？
@ToobaAbbassi-Daloii 我编辑我的答案。

【解决方案2】：

这可能更接近你想要做的：

 ## if necessary, install the package first:
 ##  source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
 ##  biocLite("Biostrings")
 library(Biostrings)
 d <- data.frame(string=c("aaa","aac","aag"),count=c(28,8,20))
 tfun <- function(x) as.character(translate(DNAString(x)))
 transform(d,aa=sapply(string,tfun))
 ##   string count aa
 ## 1    aaa    28  K
 ## 2    aac     8  N
 ## 3    aag    20  K

如果你愿意，你可以使用

 transform(d,string=sapply(string,tfun))

原地更换。

【讨论】：

@Ben Bolker：你是对的，但我想在没有任何 bioC 包的情况下这样做。
只是出于好奇，为什么？
@Ben Bolker：这是我项目的一部分