如何修复 ANOVA、Tukey HSD 的“x[i, ] 中的错误：下标越界”答案

【问题标题】：How to fix "Error in x[i, ] : subscript out of bounds" for ANOVA, Tukey HSD如何修复 ANOVA、Tukey HSD 的“x[i, ] 中的错误：下标越界”
【发布时间】：2015-10-03 19:23:53
【问题描述】：

我在使用 R 的 TukeyC 库时收到错误 "Error in x[i, ] : subscript out of bounds。

我正在尝试运行 ANOVA，然后运行 Tukey HSD 事后测试。代码（如下）适用于我的初始数据集richORIG。

library(TukeyC)

avORIG <- with(richORIG, aov(rich ~ ClimDiv_ORIG, data=richORIG))
summary(avORIG)                             
tkORIG <- TukeyC(x=avORIG, which='ClimDiv_ORIG')
summary(tkORIG)
plot(tkORIG)

导致：

avORIG <- with(richORIG, aov(rich ~ ClimDiv_ORIG, data=richORIG))

> summary(avORIG)
               Df Sum Sq Mean Sq F value Pr(>F) 
ClimDiv_ORIG    8  488.7   61.09   76.17 <2e-16 ***
Residuals    1413 1133.2    0.80                                    

> tkORIG <- TukeyC(x=avORIG, which='ClimDiv_ORIG')
trace: TukeyC(x = avORIG, which = "ClimDiv_ORIG")

> summary(tkORIG)
Goups of means at sig.level = 0.05 
   Means G1 G2 G3 G4 G5
12  5.10  a            
23  4.70     b         
11  4.68     b         
22  4.50     b         
13  4.24        c      
21  4.03        c      
33  3.26           d   
32  3.14           d   
31  2.38              e

> plot(tkORIG)  ##I can't post the picture of the plot w/o appropriate reputation

我用我的rich2080 数据集再试一次

av2080 <- with(rich2080, aov(rich ~ ClimDiv_2080, data=rich2080))
summary(av2080)
tk2080 <- TukeyC(x=av2080, which='ClimDiv_2080')
summary(tk2080)
plot(tk2080)

但是得到下面的错误

> av2080 <- with(rich2080, aov(richtimestep ~ ClimDiv_2080, data=rich2080))

> summary(av2080)
               Df Sum Sq Mean Sq F value   Pr(>F)
ClimDiv_2080    8   16.2  2.0264   7.574 5.97e-10
Residuals    1416  378.9  0.2676                 

> tk2080 <- TukeyC(x=av2080, which='ClimDiv_2080')
trace: TukeyC(x = av2080, which = "ClimDiv_2080")

Error in x[i, ] : subscript out of bounds

该代码适用于我的所有其他数据集（例如：simpORIG, simp2080, shanORIG, shan2080 等）

我在提到我的问题时遇到了这个StackOverflow Q/A，但我无法弄清楚在我的特定情况下要更改哪些代码。

以下是调试菜单中可用的选项，但当我筛选 ls() 时，我不知道要更改哪个值...

Enter a frame number, or 0 to exit   

1: TukeyC(x = av2080, which = "ClimDiv_2080")
2: TukeyC.aov(x = av2080, which = "ClimDiv_2080")
3: make.TukeyC.test(r = r, MSE = MSE, m.inf = m.inf, ord = ord, sig.level
4: make.TukeyC.groups(dif)

我将如何解决此错误以获得我的结果？

【问题讨论】：

标签： r statistics

【解决方案1】：

我遇到了这个确切的错误，但在基本统计数据包中使用了TukeyHSD() 函数。我不知道为什么会这样——简而言之，昨天它还在工作，而今天却不行。真的很奇怪……

我删除了 stats 包 (BAD IDEA) 并希望重新安装它，但不能。最终，我通过下载最新的 R 版本并重新开始重新开始。

抱歉，这不是更具体，但我无法解释为什么该功能突然不起作用，我认为 TukeyC() 的工作方式与 TukeyHSD() 非常相似

就像在侏罗纪公园里，他们不得不重新打开电源：漫长、复杂和可怕......

【讨论】：