如何在一台设备中绘制多个 LME 残差图答案

【问题标题】：How to plot multiple LME residual plots in one device如何在一台设备中绘制多个 LME 残差图
【发布时间】：2015-03-18 11:54:21
【问题描述】：

我正在尝试绘制多个诊断 LME 图，显示标准化残差与一台设备中的拟合值。我尝试了通常的 par(mfrow=c(2,2)) 但使用 plot(lme) 命令绘制 LME 残差不起作用，因为使用的是完整设备。

我想使用 ggplot2 中的 facet_wrap 或 facet_grid，但它不知道如何处理模型和自动绘制残差。

这是一些测试代码：

par(mfrow=c(2,2))
treatment=factor(c(rep("a",4),rep("b",4),rep("c",4)))
response=rnorm(12,2,1)
explanatory=rnorm(12,4,1)
test.lme=lme(response~explanatory,random=~1|treatment)
test.lm=lm(response~explanatory)
plot(test.lme)

比较：

par(mfrow=c(2,2))
plot(response~explanatory)
plot(test.lm)

工作正常。我怎样才能做到这一点？

【问题讨论】：

标签： r plot ggplot2

【解决方案1】：

您可以使用grid() 包中的东西来设置视口等，但最简单的方法是使用gridExtra 包中的grid.arrange() 函数：

library('nlme')
set.seed(101)
treatment <- factor(c(rep("a",4),rep("b",4),rep("c",4)))
response <- rnorm(12,2,1)
explanatory <- rnorm(12,4,1)
test.lme <- lme(response~explanatory,random=~1|treatment)
library('gridExtra')
p1 <- plot(test.lme)
p2 <- plot(form=sqrt(abs(resid(.)))~fitted(.),test.lme)
grid.arrange(p1,p2)

您可以指定行数和列数等

【讨论】：

谢谢本。为什么建议在代码中使用残差的绝对值？它不会阻止我们检测残差的不对称性吗？
我在某种程度上模仿了plot.lm() 的行为。 sqrt(abs(residuals)) 与拟合的图称为 scale-location 图，并针对检测异方差性进行了优化...

【解决方案2】：

现在有一个函数 ggplot::autoplot() 将接受模型对象并在构面中绘制所有四个诊断。

编辑：糟糕，它实际上在 ggfortify 包中，并且在加载时显然掩盖了 ggplot2::autoplot()，这就是为什么我认为它在 ggplot2 中。

【讨论】：

autoplot() 不接受 lm 和 lme 类型的对象，我刚试了一下。