【问题标题】:Plotting confidence intervals and connect means for grouped data为分组数据绘制置信区间和连接均值
【发布时间】:2012-11-11 15:02:01
【问题描述】:

我现在已经尝试在 ggplot2 中绘制这个情节很长时间了(几天)。我很快就放弃了。请帮忙。我只想为我的 3 个组 A、B 和 C 绘制一个简单的图。这是我的数据简化:

> mydata 
   A01 A02 A03 B01 B02 B03 C01 C02 C03
id0001    1    2    3    6    7    8    11    12    13

我想创建一个看起来像like this one 的情节。 A01、A02 和 A03 应该构成 A 的置信区间等。我怎样才能在 x 轴上绘制 3 个组的非常简单的图。最终,我想制作一个包含多个 ID 的图表,所以它看起来像 like this one,但像第一个一样带有错误栏或 CI。

如果有人可以帮助我或给我一些建议,我将不胜感激!

谢谢。

【问题讨论】:

  • 因为您已经为此工作了好几天(抱歉,顺便说一句!)您介意分享一些您尝试过的事情吗?
  • 我尝试制作箱线图,认为这是要走的路,然后删除箱子,但得知箱线图可能是错误的!所以现在我需要重新开始,我是 ggplot 和 R 的新手,所以还不是那么容易。 :)
  • 不,我的意思是您尝试了哪些特定代码来实现您在此处询问的特定结果?在要求我们为您做之前,我们假设您实际上已经尝试过。

标签: r plot ggplot2


【解决方案1】:
set.seed(42)
df <- data.frame(group=rep(c("a","b","c"),each=10),value=c(rnorm(10,mean=1,sd=0.1),rnorm(10,mean=1.5,sd=0.3),rnorm(10,mean=3,sd=0.2)))

library(ggplot2)
library(Hmisc)
p1 <- ggplot(df,aes(x=group,y=value)) 
p1 + 
  stat_summary(fun.data = "mean_cl_boot", colour = "red", geom = "errorbar") +  #errorbar with bootstrapped 95 % confidence interval
  stat_summary(fun.data = "mean_cl_normal", colour = "blue", geom = "errorbar") + #errorbar with normal 95 % confidence interval
  stat_summary(fun.y = "mean", colour = "black", geom = "point") + #means
  stat_summary(fun.y= "mean", colour="black", geom="line", aes(group = 1)) #lines connecting means

如果你真的想把小组联系起来,请仔细考虑,因为这没有多大意义。

【讨论】:

  • 哇,太棒了!!有用!非常感谢你!我确实想要中间的线条,就像那样,所以我可以直观地看到组之间的值是增加还是减少。
  • 现在我只需要弄清楚如何将我的数据变成一个看起来像你的数据框。 > df
  • 这是一个单独的问题,应该作为一个新问题提出。只要确保将其设为reproducible
  • 好的,我先自己尝试一些,然后google一下,我可能很快就会弄清楚。非常感谢 Roland 的帮助!
  • 嗨罗兰。再次感谢你。我从一开始就想出了如何将我的数据读入正确的格式,所以我不需要转换它。我只有一个小问题。在我的 df 中,我有 4 个组,顺序为 A、B、C、D。但是当我绘制它时,顺序会发生变化,因此它在 x 轴上是 C、D、A、B。如何将 x 轴作为 df 中出现的正确顺序?
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