gtsummary p 值因子水平答案

【问题标题】：gtsummary p value factor levelsgtsummary p 值因子水平
【发布时间】：2021-08-06 13:45:45
【问题描述】：

我正在创建一个 tbl_summary 并添加一个 p 值以进行组间比较。是否可以添加 p 值来比较组间的因子水平？即 I 级（35 对 33）、II 级（32 对 36）和 III 级（21 对 43）的 p 值，而不仅仅是总体 p 0.080。

带有add_p()的标准表

library(gtsummary)
library(dplyr) 
    trial %>% 
      select(death,grade) %>% 
      tbl_summary(by = death) %>% 
      add_p() # can something be added to this call for p-compairsons?

这是我想要的结果，但是否有 add_p() 的内置方法可以为许多变量获取此结果？

 trial %>% 
  select(death,grade) %>% 
  mutate(rn = row_number()) %>% 
  tidyr::spread(grade,grade) %>% 
  mutate(across(matches("(I)"), ~ ifelse(is.na(.),0,1))) %>%
  select(-rn) %>% 
  tbl_summary(by = death) %>% 
  add_p()

【问题讨论】：

标签： r gtsummary

【解决方案1】：

无法修改 add_p() 以添加您请求的 p 值。您可以使用 add_stat() 使用自定义函数来完成此操作，或者您在上面所做的方式也很棒。

我稍微修改了您的代码，为年级添加了一个标签行，并缩进了级别。

library(gtsummary)
library(tidyverse)

tbl <- 
  trial %>% 
  select(death,grade) %>% 
  mutate(rn = row_number()) %>% 
  tidyr::spread(grade,grade) %>% 
  mutate(across(matches("(I)"), ~ ifelse(is.na(.),0,1))) %>%
  select(-rn) %>% 
  tbl_summary(by = death) %>% 
  add_p() %>%
  # add header row for grade, and indenting levels
  modify_table_body(
    ~ .x %>%
      mutate(
        row_type = "level",
        variable = "grade"
      ) %>%
      {bind_rows(tibble(variable = "grade", row_type = "label", label = "Grade"), .)}
  )

^{由reprex package (v2.0.0) 于 2021-08-06 创建}

【讨论】：

谢谢，我去看看 add_stat()