【问题标题】:Transpose tbl_summary output转置 tbl_summary 输出
【发布时间】:2021-10-27 01:23:47
【问题描述】:

我注意到前段时间tbl_summary ( gtsummary) transpose with p-values 的类似请求,但它并没有帮助解决我的问题。

有没有办法操纵tbl_summary 的输出,使列变成行,行变成列。

我的示例代码结构如下:

library(tidyverse)
library(gtsummary)
set.seed(42)
dat <- data.frame(
  x=sample(1:4),
  y=sample(1:4),
  z=sample(1:4),
  time=runif(200, min=2, max=25))
a1 <- tbl_summary(dat %>% select(c(time, x)), by=x ,
                  label=list(time ~ "Follow-up time (Group 1)"),
                  statistic = list(all_continuous()~ "{median} ({p25}, {p75})")) 
a2 <- tbl_summary(dat %>% select(c(time, y)), by=y ,
                  label=list(time ~ "Follow-up time (Group 2)"),
                  statistic = list(all_continuous()~ "{median} ({p25}, {p75})")) 
a3 <- tbl_summary(dat %>% select(c(time, z)), by=z,
                  label=list(time ~ "Follow-up time (Group 3)"),
                  statistic = list(all_continuous()~ "{median} ({p25}, {p75})")) 
tbl_stack(list(a1,a2,a3))

在这里,我使用by= 获取tbl_summary 来快速计算每个“组”的中位数和 95%CI。但是,我有兴趣将“x”、“y”和“z”作为列,将每个组的级别作为行。

样本输出

【问题讨论】:

    标签: r gtsummary


    【解决方案1】:

    我认为你所拥有的看起来很棒。我将进行以下修改,以免您有任何重复的代码。

    map(
      c("x", "y", "z"),
      ~ tbl_summary(
          dat,
          by = all_of(.x),
          include = time,
          label = list(time = .x)
        )
    ) %>%
      tbl_stack()
    

    有一个功能可以为您提供相似表,但不能完美匹配您的情况。 https://www.danieldsjoberg.com/gtsummary/reference/tbl_continuous.html

    【讨论】:

    • 谢谢@Daniel 我很欣赏修改后的代码。对于链接,我想使用tbl_continuous 来达到我的目的,它依赖于为所有不同组计算的“时间”变量作为单独的向量,所以我回到了第一方!有没有办法将列转换为tbl_summary 输出中的行。在我上面的示例中,列将是“跟进(第 1 组)-跟进(第 2 组)-跟进(第 3 组)”,然后行将是“1 - 2 - 3 - 4”,即级别分组向量。
    • 无法转置 gtsummary 表,因为基础数据结构不允许转置和正确应用格式。但是,我们可以像上面所做的那样以转置的方式构造表。我们还添加了一个类似的函数(但对于分类数据,不是连续的)......也许需要一个连续的变体? danieldsjoberg.com/bstfun/reference/tbl_likert.htmldanieldsjoberg.com/bstfun/reference/tbl_likert.html
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