R: rpm 文件可以与 Windows 一起用于可能过时的 R 包吗？答案

【问题标题】：R: can rpm files be used with Windows for possibly outdated R packages?R: rpm 文件可以与 Windows 一起用于可能过时的 R 包吗？
【发布时间】：2012-05-27 07:16:07
【问题描述】：

我试图运行需要 R 包“pkgDepTools”和“Rgraphviz”的代码。我收到错误消息说这两个包都不适用于 R 版本 2.15.0。

Google 搜索发现以下网页 RPM Pbone 似乎包含这些软件包：

http://rpm.pbone.net/index.php3/stat/4/idpl/17802118/dir/mandrake_other/com/R-pkgDepTools-1.20.0-1-mdv2012.0.i586.rpm.html

和

http://rpm.pbone.net/index.php3/stat/4/idpl/17802080/dir/mandrake_other/com/R-Rgraphviz-1.32.0-2-mdv2012.0.i586.rpm.html

但是，这些文件具有 *.rpm 扩展名，而不是我习惯的 *.tar.gz 或 *.zip 扩展名。

我使用的是 Windows 7 和 R 版本 2.15.0。我可以从 *.rpm 文件安装 R 包吗？

来自 Wikipedia 的 *.rpm 似乎更适合 Linux：

http://en.wikipedia.org/wiki/RPM_Package_Manager

关于其他可能的解决方案，我在这里找到了几个较早的帖子，其中包含有关安装 R 包的类似问题，这些包不适用于最新版本的 R：

Bivariate Poisson Regression in R?

Package ‘GeneR’ is not available

R Venn Diagram package Venerable unavailable - alternative package?

我已经安装了最新版本的 Rtools 和包“devtools”。虽然我对他们一无所知。

这里有一个“Rgraphviz”的存档版本：

http://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/Rgraphviz/

但我找不到“pkgDepTools”的存档版本。

如果我可以使用上述 *.rpm 文件在 Windows 机器上安装软件包，有人可以提供说明吗？

如果我必须使用 Rtools 来构建它们，我可能会提出更多问题，因为下面链接中的说明对我来说具有挑战性：

http://cran.r-project.org/doc/manuals/R-admin.html#Building-from-source

为了完全透明，如果可能的话，我希望有人可以为我构建它们。虽然我认识到自己做这件事所获得的经验和知识从长远来看可能会有所回报。

感谢您的建议。

【问题讨论】：

标签： r

【解决方案1】：

pkgDepTools 和 Rgraphviz 是 BioConductor R 软件包，而不是托管在 CRAN 上的软件包。除非您将 R 配置为从这些存储库下载包，否则 R 将报告它们不可用；它只能从已配置安装的 repos 安装。

要安装这些 BioConductor 软件包，我们提供了一种精简的安装方法：

source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite(c("pkgDepTools", "Rgraphviz"))

一般情况下，您不能在 Windows 上使用 rpm 包； rpm 相当于 Linux 的二进制包。任何 C/C++/Fortran/etc 代码都将针对 Linux 而不是 Windows 进行编译。如果某个包确实不适用于您的 R 版本，请检查 CRAN 上是否说明了原因（通常 Windows 二进制文件需要几天的时间才能生成，或者可能存在对 CRAN Windows 构建机器上不可用的软件的要求） .您可以尝试由 Uwe Ligges 运行的 WinBuilder 服务为您构建软件包的 Windows 二进制文件，但如果该软件包在 CRAN 上并且现在不是这表明它不再适用于当前的 R 并且无法构建。

一般来说，尝试更广泛地搜索包；在我的 Google 搜索结果中，搜索字符串“pkgDepTools”下的第一个命中是该软件包的 Bioconductor 页面，其中包含一个指向 Windows 二进制文件的链接和关于如何从 R 中安装该软件包的说明。

【讨论】：

您提供的两行似乎有效。但是，当我键入 library('pkgDepTools') 时，我收到一条弹出错误消息，指出“DP_LocalAvatar：Rgui.exe - 系统错误”“程序无法启动，因为您的计算机中缺少 libcdt-4.dll。尝试重新安装程序以解决问题。在 R 本身中，我收到一个错误，指出没有 R 包“pkgDepTools”。这是否意味着我必须卸载 R？
其实这个错误是由Rgraphvis引起的，而不是pkgDepTools。这是 2009 年 r.789695.n4.nabble.com/Rgraphviz-install-td878526.html 的类似报告，我会等到早上再调查。
我已经继续并单击了复选标记，但经过 7 小时的尝试后，我无法安装 Rgraphviz。在几年的时间里，我在互联网上发现了其他几个帖子表达了同样的问题，但没有明确的解决方案。我会联系 Bioconductor。如果他们可以协助安装 Rgraphviz，我将在此处发布解决方案。

【解决方案2】：

我认为这值得回答而不是评论。

Bioconductor 的一位绅士帮助我安装了 Rgraphviz。主要问题是我下载的 Rgraphviz 版本似乎只适用于 32 位版本的 R，而我运行的是 64 位版本的 R。我能够在 32 位版本的 R 中安装 Rgraphviz .

在我尝试安装 Rgraphviz 的一些过程中，我还在 PATH 语句中犯了一个或两个错误。但是，我第二条评论中的上述帖子提供了安装说明。

您似乎无法在 64 位版本的 R 中安装正常下载版本的 Rgraphviz。

我认为我们来回发送的许多电子邮件现在都发布在 Bioconductor 论坛上。

我可能会在接下来的 24 小时内编辑此答案并提供更详细的说明。

【讨论】：