R：解绑和使用 Packrat 快照的说明

Question

我使用 packrat (v 0.4.8.-1) 创建了 R 包依赖项的快照和捆绑包，以及相应的 R 代码。我想向其他人提供 R 代码和 Packrat 包，以使我正在做的工作（包括 R 环境）完全可重现。

我使用与我用来编写 R 代码和创建捆绑包的计算机不同的计算机测试了取消捆绑。我在 R studio 中打开了一个 R 代码文件，并调用 library(packrat) 来加载 packrat（也是 v 0.4.8-1）。然后我调用了 packrat::unbundle(bundle = "directory", where = "directory")，它解绑成功。但随后调用 packrat::restore() 给了我错误“这个项目还没有被打包。运行 'packrat::init()' 来初始化 packrat”。似乎不需要 init() ，因为我不是要创建新快照，而是要使用捆绑包中的快照。 packrat 页面 (https://rstudio.github.io/packrat/) 和 CRAN 提供的关于解绑的文档很少，以帮助解决此问题，或者我可以将我的代码的用户指向以获取说明（他们可能会熟悉 R，但可能没有使用过 packrat）。

那么，是否有人可以提供清晰的分步说明，说明捆绑快照的用户应如何解绑，然后使用保存的快照运行 R 代码文件？

Answer 1

经过一些试验，我发现了一种目前看来行之有效的方法。

我已经为用户提供了三个文件：

-tar.gz (packrat bundle file)
-unbundle.R (R code file that includes a library statement to load 
 the packrat library, and the unbundle command for the tar.gz file)
-unbundle_readme.txt  

自述文件包含与以下类似的说明，到目前为止，用户已经能够使用包依赖项运行 R 代码。自述文件告诉用户有关要求（R、R studio、packrat、R 包开发先决条件（Rtools for Windows、XCode for Mac）），并包含 sessionInfo() 的输出以记录 R 代码应在说明后使用的 R 包版本紧随其后。在下面的示例中，“code_folder”指的是 tar.gz 文件中包含 R. 代码和相关输入文件的文件夹。

解绑说明示例：

第一步

将 tar 文件保存到一个目录，但不要展开/解压缩。 访问保存的包依赖项的问题 当 R 或 R studio 以外的程序时更有可能 用于解包 tar 文件。

如果 tar 文件已经展开，重新保存 tar 文件到一个新目录，该目录不应该是相同的 目录作为扩展的 tar 文件，或 扩展的 tar 文件。

第 2 步

将 unbundle.R 保存在与 tar 文件相同的目录中

第三步

使用 R studio 打开 unbundle.R

第四步

执行 unbundle.R （这将创建一个子文件夹“code_folder”。 请注意，此步骤可能需要 5-15 分钟才能运行。）

第 5 步

关闭 R 工作室

第 6 步

导航到子文件夹“cold_folder”

第 7 步

使用 R studio 打开一个 R 脚本 （包库应该与下面列出的相对应。 这将表明 R studio 正在访问保存的包 依赖关系。）

第 8 步

执行 R 代码，它将利用项目包库。 使用上述方法加载包库后 步骤，不必为每个都重新加载包库 脚本。 R studio 会继续访问包依赖 对于您在 R Studio 会话中打开的每个脚本。如果你 随后关闭 R-studio，然后从内部打开脚本 解绑目录，R studio 仍应访问 依赖项而不需要重新加载保存的包 快照。