在自己的 R 包中使用 R 包“survival”中的“predict.coxph”

Question

我想在自己的 R 包中使用 R 包survival。

我的问题是survival 没有导出函数predict.coxph，这就是为什么我不能在DESCRIPTION 文件中使用survival::predict.coxph 在Imports: 下列出生存。

现在我尝试在Depends: 下列出survival，并且只使用predict(fittedmodel)（以及coxph 和Surv，不使用survival::）。但我使用R CMD check --as-cran 得到以下NOTEs：

1. "* 检查 R 代码中的依赖关系 ... 注意 未从“生存”导入 Depends 字段中的包 这些包需要从（在 NAMESPACE 文件中）导入 当此命名空间已加载但未附加时。”
2. “'Surv' 没有可见的全局函数定义”等。
3. “未定义的全局函数或变量： Surv coxph survfit"

关于 1)：我在 NAMESPACE 文件中有 import(survival)。

这里有什么问题？

Answer 1

根据Writing R Packages手册

使用 foo:::f 代替 foo::f 允许访问未导出的对象。通常不建议这样做，因为包作者在日常维护中可能会更改未导出对象的语义。

所以你有它。要访问未导出的函数，您只需使用 ::: 而不是 :: 调用它们，但请注意这些函数没有可用的文档，因此当相关软件包的新版本发布时，它们的使用可能会改变.

关于您的依赖问题，只需将survival 添加到DESCRIPTION 的Imports 部分即可。