如何在 Docker 中安装 R Github 包

Question

我正在尝试为我的 R 脚本创建一个 Docker 映像，以便在 Google Cloud 上安排 R 作业。我目前正在使用小型 R 脚本对其进行测试。 docker build 命令在我安装 rga GitHub 包的步骤中失败。下面是我的 R 脚本和 DockerFile：

R 脚本：

library(rga)
library(bigrquery)
bq_token()
rga.open(instance = "ga", where="~/ga.rga")

demoScheduleAPI <- function(){
  search_perf <- ga$getData(XXXX, batch = TRUE, walk = TRUE, 
                          start.date = "2020-01-15",
                          end.date = "2020-01-16",
                          metrics = "ga:searchUniques",
                          dimensions="ga:date,ga:hour,ga:searchKeyword, ga:searchCategory ,ga:dimension6,ga:dimension10")
  project <- "bidone-data"
  insert_upload_job(project, "GA_Export_Prod_DataSet", "Test_Table123", search_perf)
}

Dockerfile

FROM rocker/r-ver:3.6.1

RUN mkdir /home/bidone

RUN R -e "install.packages('bigrquery', repos='http://cran.rstudio.com/')"

RUN R -e "install.packages('devtools', repos='http://cloud.r-project.org')"

RUN R -e "devtools::install_github('skardhamar/rga')"

COPY .secrets /home/analysis/.secrets

COPY ga /home/analysis/ga

COPY DockerTest.R /home/analysis/DOckerTest.R

CMD R -e "source('/home/analysis/DockerTest.R')"

它确实安装了 devtools 包，但是当它尝试从 github 安装 rga 包时，它给出了以下错误。

> devtools::install_github('skardhamar/rga')
Error in loadNamespace(name) : there is no package called ‘devtools’
Calls: :: ... loadNamespace -> withRestarts -> withOneRestart -> doWithOneRestart
Execution halted
The command '/bin/sh -c R -e "devtools::install_github('skardhamar/rga')"' returned a non-zero code: 1

我该如何解决这个问题？

Answer 1

你最好的选择是 GitHub 搜索。这是我的一个示例，用于支持class I teach，基于another Dockerfile from our Rocker Project。该链接为您提供了完整的详细信息，但为简洁起见，我们在这里省略了一些内容

FROM rocker/r-ubuntu:18.04   

# Install required libraries -- using prebuild binaries where available
RUN apt-get update && apt-get install -y \
    git \
    r-cran-data.table \
    r-cran-devtools \
    r-cran-doparallel \
    r-cran-dygraphs \
    r-cran-foreach \
    r-cran-fs \
    r-cran-future.apply \
    r-cran-gh \
    r-cran-git2r \
    r-cran-igraph \
    r-cran-memoise \
    r-cran-microbenchmark \
    r-cran-png \
    r-cran-rcpparmadillo \
    r-cran-rex \
    r-cran-rsqlite \
    r-cran-runit \
    r-cran-shiny \
    r-cran-stringdist \
    r-cran-testthat \
    r-cran-tidyverse \
    r-cran-tinytest \
    r-cran-xts \
    sqlite3 \
    sudo

# Install additional R packages from CRAN (on top of the ones 
# pre-built as r-cran-*)
RUN install.r bench diffobj flexdashboard lintr ttdo unix

# Install plr -- for now (?) from GH; also install visualTest
RUN installGithub.r stat430dspm/plr MangoTheCat/visualTest

这几乎涵盖了我们

• 使用 Michael Rutter 的 PPA，通过 Ubuntu 的预构建 .deb 包为 Ubuntu LTS（目前仍为 18.04）获取尽可能多的信息
• 使用 littler 脚本 install.r 从 CRAN 安装一些软件包
• 使用另一个 littler 脚本 installGithub.r 从 GitHub 安装另外两个 repos

这只是显示了我首选的排序顺序：二进制文件优于 CRAN 而不是 GitHub。您问题的关键是这些littler 脚本也在 Rocker 的 R-ver 堆栈中。但是对于 r-ver，您必须非常小心混音，因为 MRAN 的发布日期是固定的设计。

（如果有人想了解更多关于 this 容器的 why 的信息，我们只需添加一个 pre-print on arXiv —— 但这对于测试来说非常具体和我们使用的分级基础设施。