在 ggplot 比例条形图上显示 p 值

Question

我正在尝试将一些分类数据的 R ggplot 图与成对的 p 值放在一起。我可以绘制数据图，并计算出成对的 p 值，但无法计算出如何将它们一起显示。有人有什么建议吗？

我的偏好是使用geom_signif() 之类的东西来显示它们，但我完全被卡住了。在这个阶段，我很乐意接受将它们显示为图表下方的表格，如果这样更容易吗？

数据：

我的数据格式如下：

> str(df)
'data.frame':   589 obs. of  2 variables:
 $ grp1: Factor w/ 2 levels "N","Y": 1 2 1 1 1 1 1 2 2 2 ...
 $ grp2: Factor w/ 4 levels "A","B","C","D": 3 1 2 1 3 3 4 2 2 1 ...

数据的计数是：

> table(df)
    grp2
grp1   A   B   C   D
   N  81 144 117  88
   Y  40  61  38  20

成对比例检验是：

> library(rstatix)
> pairwise_prop_test(table(df))
# A tibble: 6 x 5
  group1 group2      p p.adj p.adj.signif
* <chr>  <chr>   <dbl> <dbl> <chr>       
1 A      B      0.618  0.948 ns          
2 A      C      0.153  0.612 ns          
3 B      C      0.325  0.948 ns          
4 A      D      0.0189 0.113 ns          
5 B      D      0.0432 0.216 ns          
6 C      D      0.316  0.948 ns          

图表是：

> library(ggplot2)
> ggplot (df, aes(x=grp2, fill=grp1))+
+ geom_bar(position="fill")

比例条形图

目标：

我想将pairwise_prop_test(table(df)) 的p 列中的数字添加到图表中，可以使用geom_signif()，也可以作为grp1、grp2 和p 底部的表格图（任何表结构）。

Answer 1

这是一种使用 dplyr 添加行号并将其用于垂直间距的方法。

library(dplyr)
ggplot (df, aes(x=grp2, fill=grp1)) + 
  geom_bar(position="fill") +
  geom_segment(data = ppt %>% dplyr::mutate(row = row_number() / n() * 0.5),
               aes(x = group1, xend = group2,
                   y = row, yend = row), inherit.aes = FALSE) +
  geom_text(data = ppt %>% mutate(row = row_number() / n() * 0.5),
            aes(x = group1, label = p, y = row), 
            inherit.aes = FALSE, vjust = -0.2, hjust = 0)