R ggplot2问题与堆叠条形图与3个变量与镜像密度图混合

Question

尊敬的 Stackoverflow 社区，

再一次，我有一个关于 R 的 ggplot2 可能性的问题。 在我开始解释我的问题之前，下面提供了一个数据框示例：

age <- c(12, 13, 14, 15, 12, 13, 14, 15, 12, 13, 14, 15, 12, 13, 14, 15, 12, 13, 14, 15)
anticoagulation <- c(0, 1, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1)
atc <- c(1, 0, 2, 0, 1, 2, 1, 0, 2, 0, 1, 2, 1, 0, 2, 0, 1, 2, 0, 0)
df <- data.frame(age, anticoagulation, atc)

• 抗凝编码：0 = 未抗凝，1 = 接受抗凝
• atc 编码：0 = 呋喃妥因，1 = 磷霉素，2 = 甲氧苄啶

我想可视化每个年龄组和每个 atc 组的抗凝处方差异。到目前为止我做了什么：

frame <- aggregate(df$anticoagulation, by=list(df$age), FUN=length)
frame$age <- frame$Group.1
frame$n <- frame$x
frame <- frame [,3:4]

my_table<- table(df$age, df$anticoagulation)
table <- as.data.frame.matrix(my_table)
frame$n_noanti <- table$"0"
frame$n_yesanti <- table$"1"

frame$per_yesanti <- (frame$n_yesanti/frame$n)*100 # percentage
frame$per_noanti <- (frame$n_noanti/frame$n)*100 # percentage


ggplot(frame, aes(x=x) ) +
  geom_bar( aes(x = reorder (age, -per_yesanti), y =per_yesanti), stat="identity", fill="#69b3a2" ) +
  geom_label(aes(x=15, y=100, label="Used anticoagulants"), color="#69b3a2")+
  geom_bar( aes( x =reorder (age, -per_noanti), y=-per_noanti), stat="identity", fill="#404080" ) +
  geom_label( aes(x=15, y=-100, label="No anticoagulants"), color="#404080") +
  theme(axis.text.x=element_blank()) + 
  xlab ("Age") + 
  ylab ("Percentages of how many women used anticoagulants")+
  ggtitle("Distribution of anticoagulants per age")+
  theme(plot.title = element_text(hjust = 0.5), text = element_text(size=15))

输出 Output of ggplot mirror density here above

但是，我想要一个这样的图表，但有这样的堆积条： Example of stacked bars

堆叠部分基于 atc 编码。我试图只制作一个堆叠图，但失败得很惨。

我已经尝试使用代码“聚合”，但我不知道要使用什么以及要合并什么。

frame2 <- aggregate(frame$anticoagulation, by=list(frame$age, frame$atc), FUN=length)

但是，这个聚合代码使用起来太长了。

我也尝试过，为 atc vs age 使用单独的聚合代码并将其添加到“框架”。

atc2<- table(df$age, df$atc)
t_atc2 <- as.data.frame.matrix(atc2)
frame$n_nitro <- t_atc2$"0"
frame$n_fosfo <- t_atc2$"1"
frame$n_trim <- t_atc2$"2"

但是，我仍然无法让堆叠功能工作。我尝试做一个只有抗凝百分比=yes（编码=1）的堆叠条=

    ggplot(frame, aes(fill = n_nitro+n_fosfo+n_trim, y=per_yesanti, x=age)) + 
  geom_bar(position="stack", stat="identity") +
  ggtitle("Anticoagulation per age")

graph: No distinction between the 2 atc groups

我希望有人可以将这两个图表混合在一起。如果这是非常不可能的，那么只有抗凝百分比 = 1 (per_yesanti) 的堆叠图也很好。

所以，简而言之，如果混合图是非常困难的。如何制作以下图表（因此只有 1 个图表）：

• 仅使用抗凝剂的详细信息 = 1/ 是
• 抗凝剂的详细信息必须以百分比表示（按总抗凝剂是/否计算）
• x 轴是每个年龄
• de bar 必须由 atc 填写

像这样： enter image description here

提前致谢！

Answer 1

我仍然不确定如何处理您的数据，但我尝试给出答案。直接在ggplot2 中根据由另一个变量分组的百分比来获取条形图有点困难。因此，最简单的解决方案是预先计算百分比，然后使用geom_col 绘制这些。

使用dplyr，您可以group_by age 和您希望对其进行堆叠分隔的其他变量：

age <- c(12, 13, 14, 15, 12, 13, 14, 15, 12, 13, 14, 15, 12, 13, 14, 15, 12, 13, 14, 15)
anticoagulation <- c(0, 1, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1)
atc <- c(1, 0, 2, 0, 1, 2, 1, 0, 2, 0, 1, 2, 1, 0, 2, 0, 1, 2, 0, 0)
df <- data.frame(age, anticoagulation, atc)

library(dplyr)
library(ggplot2)

df_summary <- df %>% 
  group_by(age, anticoagulation) %>% 
  summarise(count = n()) %>% 
  mutate(percentage = count / sum(count) * 100)


ggplot(df_summary, aes(x = factor(age), y = percentage, fill = factor(anticoagulation))) +
         geom_col()

df_summary_2 <- df %>% 
  group_by(age, atc) %>% 
  summarise(count = n()) %>% 
  mutate(percentage = count / sum(count) * 100)

ggplot(df_summary_2, aes(x = factor(age), y = percentage, fill = factor(atc))) +
  geom_col()

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编辑

我已经调整了我的图表。我无法想出一个解决方案来一次性计算所有内容。因此，我首先计算total_count_info 中每个年龄组的计数。这使我可以稍后计算每个年龄组的百分比。然后我计算atc 每个age 和anticoagulation 的出现次数：

total_count_info <- df %>% 
  group_by(age) %>% 
  summarise(count_age = n())

df_summary_3 <- df %>% 
  group_by(age, anticoagulation, atc) %>% 
  summarise(count = n()) %>% 
  left_join(total_count_info) %>% 
  mutate(percentage = count / count_age * 100)


ggplot(df_summary_3 %>% filter(anticoagulation == 1),
aes(x = factor(age), y = percentage, fill = factor(atc))) +
  geom_col() +
  ylab("percentage of anticoagulation == 1")