如何从 Rnw Sweave 文件中提取所有代码块？答案

【问题标题】：How to extract all code chunks from a Rnw Sweave file?如何从 Rnw Sweave 文件中提取所有代码块？
【发布时间】：2013-11-29 14:39:22
【问题描述】：

我收到一个 .Rnw 文件，它在尝试构建它所属的包时出错。问题是，在使用 RStudio 中的工具检查包时，我没有得到任何有用的错误信息。所以我需要先弄清楚错误发生在哪个代码行。

为了弄清楚这一点，我编写了这个 5 分钟的 hack，将所有代码块放在一个单独的文件中。我有一种感觉，虽然我错过了一些东西。像运行脚本文件一样提取 Rnw 文件中的所有代码的干净方法是什么？是否有一个函数可以提取所有内容，或者以这样的方式运行所有内容，以便找出错误发生在哪一行？

我的秘诀：

ExtractChunks <- function(file.in,file.out,...){
  isRnw <- grepl(".Rnw$",file.in)
  if(!isRnw) stop("file.in should be an Rnw file")

  thelines <- readLines(file.in)

  startid <- grep("^[^%].+>>=$",thelines)
  nocode <- grep("^<<",thelines[startid+1]) # when using labels.
  codestart <- startid[-nocode]

  out <- sapply(codestart,function(i){
    tmp <- thelines[-seq_len(i)]
    endid <- grep("^@",tmp)[1]  # take into account trailing spaces / comments
    c("# Chunk",tmp[seq_len(endid-1)])
  })

  writeLines(unlist(out),file.out)

}

【问题讨论】：

使用 sweave 打结或使用 knitr 打结。
@Thomas 如果你把它放在答案中，我可以给你功劳。

标签： r file text extract sweave

【解决方案1】：

这两种策略是Stangle（用于Sweave变体）和purl用于knitr变体。我对 .Rnw 文件的印象是它们或多或少是等效的，但 purl 也应该适用于其他类型的文件。

一些简单的例子：

f <- 'somefile.Rnw'
knitr::purl(f)
Stangle(f)

无论哪种方式，您都可以使用source 运行创建的代码文件。

注意：This post 描述了一个块选项，用于 knitr 选择性地purl 块，这也可能会有所帮助。

【讨论】：