在 Python 中调用 R 包的问题答案

【问题标题】：Problem with calling an R package in Python在 Python 中调用 R 包的问题
【发布时间】：2019-11-25 16:33:36
【问题描述】：

对于上下文：我的目标是创建一个图形界面，以便用户可以运行我在 R 中开发的程序。该界面是使用 python（版本 3.3）中的 Tkinter 模块完成的。现在我正试图让它在 Windows 中工作。

我相信我已经成功地使用 python 调用了 R 解释器来运行我的 R 文件 (run.R)。在这个文件中，我将 R 包称为“seqinr”。但是，当我从 python 调用 R 解释器时，我得到了这个：

我运行这个：

os.system('C:/"Program Files"/R/R-3.6.1/bin/Rscript run.R')

我得到了这个：

Error in library(seqinr) : there is no package called 'seqinr'
Calls: source -> withVisible -> eval -> eval -> library
Execution halted

但是，当我在命令提示符中运行 'C:/"Program Files"/R/R-3.6.1/bin/Rscript run.R' 命令时，它运行良好，我没有任何问题。我还检查了我的包的安装位置，它位于 R 用来安装所有包的默认目录中。我的机器上也没有安装任何其他 R 版本。

我不知道现在发生了什么，所以我将不胜感激。

谢谢！

【问题讨论】：

Possible duplicate of
看过这个了吗？这是我在 python 中的 R 模块 rpy2.readthedocs.io/en/version_2.8.x/introduction.html

标签： python r operating-system

【解决方案1】：

虽然可能不令人满意，但我建议您更改“run.R”文件以包含以下行：

if (!("seqinr" %in% installed.packages())) {
    install.packages('seqinr', repos = "https://cloud.r-project.org")
}
library(seqinr)

如果在从 Python 调用时 R 正在寻找包的任何地方都无法使用该包，这将安装该包。此外，您可以在“run.R”文件中包含print(rownames(installed.packages()))，以查看在运行时从 Python 调用时哪些包当前可用于您的 R 安装。包含 print(.libPaths()) 行会告诉您 R 在运行时在哪里寻找已安装的软件包。

【讨论】：