【发布时间】：2015-05-03 20:56:01
【问题描述】：
我正在尝试向 slurm 提交一个在输入文件上运行 m4 的脚本。 m4 安装在我们的集群上，如果我自己运行脚本，一切都会按预期工作。但是当我通过 slurm 脚本向 slurm 提交运行时，我得到了一个错误。
这是我要运行的脚本（名为 m4it.sh）。
[请注意，我正在打印 PATH 和 SHELL 以尝试调试。]
#!/usr/bin/env bash
echo "Beginning m4it.sh"
echo "PATH=$PATH"
echo "SHELL=$SHELL"
echo
m4 file.m4 > fileout.txt
这是我的 slurm 脚本：
#!/usr/bin/env bash
#
#SBATCH --job-name=m4it
### Account name (req'd)
#SBATCH --account=MyAccount
### Redirect .o and .e files to the logs dir
#SBATCH -o m4it.out
#SBATCH -e m4it.err
#
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --time=00:01:00
#SBATCH --mem-per-cpu=125
echo "PATH=$PATH"
echo "SHELL=$SHELL"
echo
echo "running m4it.sh"
echo
./m4it.sh
通过
成功提交到slurmsbatch m4it.slurm
当它执行时，我的 m4it.err 日志文件中出现以下错误：
./m4it.sh: line 8: m4: command not found
PATH 和 SHELL 变量（由 m4it.slurm 和 m4it.sh 脚本打印到 m4it.out）是相同的。 PATH 包含我登录时的 PATH，而 SHELL 是 /bin/bash，正如预期的那样。
即使我在 PATH 中的目录中包含指向 m4 可执行文件的符号链接，我仍然会收到此错误。此外，问题不只是 m4。该脚本会将命令“apropos”报告为未知命令，即使它在命令行上运行良好。脚本可以“cd”和“ls”就好了。
我已经检查了读/写/执行权限。
ls -ld / /usr /usr/bin /usr/bin/m4
产生以下结果：
dr-xr-xr-x. 30 root root 4096 Apr 8 11:11 /
drwxr-xr-x. 14 root root 4096 Feb 17 20:24 /usr
dr-xr-xr-x. 2 root root 36864 Apr 29 11:14 /usr/bin
-rwxr-xr-x 1 root root 212440 Jun 3 2010 /usr/bin/m4
似乎 m4it.sh 脚本在其上执行的节点与前端节点不同，并且没有遇到某种信息（环境变量或路径）。我还尝试使用参数 --export=ALL 导出所有设置，如下所示：
sbatch m4it.slurm --export=ALL
但这也不起作用（结果相同）。 有人可以帮忙吗？
【问题讨论】：
-
which m4的输出是什么？ -
在命令行中，“which m4”返回 /usr/bin/m4。我在 .sh 和 .slurm 脚本中都添加了“which m4”。我在 .out 文件中一无所获。在 .err 文件中，它显示“which: no m4 in (/....all the directory in my PATH.../) 奇怪的是 /usr/bin 在我的 PATH 中。目录也是如此我在其中放置了一个指向 m4 的符号链接。
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哪个用户运行 m4it.sh？请将
ls -ld / /usr /usr/bin /usr/bin/m4的输出添加到您的问题中。 -
ls 的输出添加到上面的问题中。我不确定谁执行 m4it.sh，但我猜它是解释 m4it.slurm 脚本的 slurm 守护进程。
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尝试在作业中运行 ls 命令。运行您的作业的计算节点中似乎没有安装 m4。
标签： linux bash shell cluster-computing slurm