从 shell 执行 R 脚本

Question

我正在尝试从 shell 调用 R 脚本。

脚本如下所示：

functionName <- function(file1){
  args <- commandArgs(trailingOnly = TRUE)
  print(args)
  data <- read.table(file(file1),row.names=1,header=FALSE,sep='\t',dec='.')}


functionName(args[1])

我的文件 1 包含数行，例如：

1 2 1 2 4
2 4 5 4 2
1 2 3 4 5

但是，从 shell 调用这个脚本：

Rscript scriptName fileName

我收到以下错误：

Error in args[1] : object of type 'closure' is not subsettable
Calls: processGroups -> read.table -> file
Execution halted

谁能解释这个错误信息是什么意思？

Answer 1

试试functionName(commandArgs(trailingOnly = TRUE)[1])。在functionName 中定义的args 对象在函数之外是不“可见的”。这里，它指向了args() 内置函数，参见?args。