使用脚本参数在 Snakemake 中指定 Python 版本答案

【问题标题】：Specifying Python version within Snakemake using script parameter使用脚本参数在 Snakemake 中指定 Python 版本
【发布时间】：2019-04-30 14:59:38
【问题描述】：

我有一些代码要合并到 Snakemake 管道中。我还希望能够独立于 Snakemake 运行代码，所以我想编写灵活的代码。我有一个 Snakemake 可以读取的配置文件和一个替代配置文件，如果代码在 Snakemake 之外运行，它将被解析。

我的 Snakemake 文件的规则中有以下结构：

rule some_rule:
    input:
        input_file
    output:
        output_file
    script:
        runfile.py

然后我在runfile.py 中测试了该脚本是否正在Snakemake 中运行，如下所示：

if 'snakemake' in globals():
    # Get config params from Snakemake
else:
    # Load config params from alternative config file

这很好，除了我在虚拟环境中工作并且我想要使用的 Python 版本与 Snakemake 默认使用的版本不同。所以我不得不重组规则如下：

rule some_rule:
    input:
        input_file
    output:
        output_file
    shell:
        /path/to/python runfile.py

但现在因为我使用的是shell 而不是script，所以我无法访问我的python 文件中的global 参数'snakemake'。

所以我的问题是

(i) 我可以指定 Python 版本并仍然使用script吗？

或

(ii) 我可以使用shell，但仍然可以访问脚本中的“snakemake”对象，这将允许我测试脚本是否在 Snakemake 管道中运行？

【问题讨论】：

虽然我对您的任务了解的不够详细，但是让runfile.py 独立于配置文件的来源不是更好吗？添加以文件为输入的命令行选项或为各个参数添加命令行选项。我认为通过这种方式可以使runfile.py 更加独立、便携且更易于测试。

标签： python snakemake

【解决方案1】：

您可以使用 Conda - 它既可以提供对执行上下文的细粒度控制，又可以提高管道的可重复性。见Documentation。

首先，您需要一个环境定义 YAML 文件。例如，

envs/py37.yml

channels:
  - defaults
dependencies:
  - python=3.7

在该文件中添加您需要的任何其他要求。那么你的规则就是

蛇文件

rule some_rule:
    input:
        input_file
    output:
        output_file
    conda:
        envs/py37.yml
    script:
        runfile.py

最后，您现在需要在启动此作业时使用附加标志 --use-conda，例如，

外壳

snakemake --use-conda output_file

【讨论】：