如何在 R 中获取输入文件的绝对路径答案

【问题标题】：How do I get the absolute path of an input file in R如何在 R 中获取输入文件的绝对路径
【发布时间】：2012-11-09 15:42:57
【问题描述】：

我正在使用 Rscript 从某个目录中的给定 CSV 文件中绘制一些数字，这不一定是我当前的工作目录。我可以这样称呼它：

./script.r ../some_directory/inputfile.csv

现在我想在同一个目录（../some_directory）中输出我的数字，但我不知道该怎么做。我试图获取输入文件的绝对路径，因为我可以从中构造输出路径，但我不知道如何做到这一点。

【问题讨论】：

标签： r

【解决方案1】：

normalizePath() #Converts file paths to canonical user-understandable form

或

library(tools)
file_path_as_absolute()

【讨论】：

【解决方案2】：

这个问题已经很老了，但它仍然错过了一个可行的解决方案。所以这是我的答案：

使用normalizePath(dirname(f))。下面的例子列出了当前目录下的所有文件和目录。

dir <- "."
allFiles <- list.files(dir)
for(f in allFiles){
  print(paste(normalizePath(dirname(f)), fsep = .Platform$file.sep, f, sep = "")) 
}

地点：

normalizePath(dirname(f)) 给出父目录的绝对路径。因此，应将各个文件名添加到路径中。
.Platform 用于拥有可移植操作系统的代码。 (here)
file.sep 给出“在您的平台上使用的文件分隔符：“/”在类 Unix 和 Windows 上（但不是在以前的经典 Mac OS 端口上）。 (here)

警告：如果不小心使用，可能会导致一些问题。例如，假设这是路径：A/B/a_file，工作目录现在设置为B。然后是下面的代码：

dir <- "B"
allFiles <- list.files(dir)
for(f in allFiles){
  print(paste(normalizePath(dirname(f)), fsep = .Platform$file.sep, f, sep = "")) 
}

会给：

> A/a_file

但是，它应该是：

> A/B/a_file

【讨论】：

【解决方案3】：

解决办法：

args = commandArgs(TRUE)

results_file = args[1]

output_path = dirname(normalizePath(results_file))

【讨论】：

【解决方案4】：

我看到人们给出了部分解决方案，但不是全部。我用过这个：

outputFile = paste(normalizePath(dirname(inputFile)),"\\", "my_file.ext", sep = "")

希望对你有帮助。

【讨论】：

【解决方案5】：

从文件中获取绝对路径

为什么不将基本 R 函数 file.path() 与 @Marius 给出的答案结合起来。这看起来稍微简单一些，可以使用文件向量 (files)，并注意系统特定的分隔符：

file.path(normalizePath(dirname(files)), files)

并包裹在一个函数中（abspath）：

abspath <- function(files)file.path(normalizePath(dirname(files)), files)

例如：

> setwd("~/test")
> list.files()
[1] "file1.txt" "file2.txt"

然后：

> abspath(files)
[1] "/home/myself/test/file1.txt" "/home/myself/test/file2.txt"

【讨论】：