在R中将栅格转换为csv

Question

我希望将栅格转换为 csv 文件。我试图将栅格转换为一个文件上的数据框，以查看它是否有效。我试过使用：

as.data.frame( rasterToPoints(species) )

但是当我尝试将“物种”写入 csv 时出现错误：

Error in as.data.frame.default(x[[i]], optional = TRUE) : 
cannot coerce class "structure("RasterLayer", package = "raster")"   to a data.frame

这是我的代码（我需要将多个栅格转换为 csv（参见循环））

#start loop
file.names <- dir(path, pattern=".csv")

for(i in 1:length(file.names)){
  file<- read.csv(file.name[i], header = TRUE, stringsAsFactors=FALSE)

#subsetting each file and renaming column header names
sub.file<-subset(file, select = c('Matched.Scientific.Name',  'Vernacular.Name...matched', 'Latitude...processed', 'Longitude...processed'))
names(sub.file) <- c('species', 'name', 'Lat','Lon')

#turn into a SpatialPointsDataFrame 
coordinates(sub.file) <- ~ Lon + Lat 
proj4string(sub.file) <- '+init=EPSG:4326'
plot(sub.file, axes=TRUE)

#converting to BNG
sub.file.BNG <- spTransform(sub.file, '+init=EPSG:27700')
plot(sub.file.BNG, axes=TRUE)

#creating template raster
template <- raster(xmn=400000, xmx=600000, ymn=200000, ymx=800000,  res=25000, crs='+init=EPSG:27700')

#point data > presence grid
species <- rasterize(sub.file.BNG, template, field=1)
plot(species)

# UK wide
template <- raster(xmn=-200000, xmx=700000, ymn=0, ymx=1250000, res=25000, crs='+init=EPSG:27700')

# use that to turn species point data into a presence grid
species <- rasterize(sub.file, template, field=1)
plot(species)

#converting a raster>dataframe>csv?????
as.data.frame( rasterToPoints(species) )
}

Answer 1

在提问时始终提供一些示例数据。

library(raster)
f <- system.file("external/test.grd", package="raster")
r <- raster(f)

获取单元格值

x <- as.data.frame(r)
head(x, 2)
#  test
#1   NA
#2   NA

获取单元格坐标和值，只针对非NA的单元格

x <- rasterToPoints(r) 
head(x, 2)
#         x      y    test
#[1,] 181180 333740 633.686
#[2,] 181140 333700 712.545

获取单元格坐标和值，只针对所有单元格（包括NA）

x <- cbind(coordinates(r), v=values(r))
head(x, 2)
#          x      y  v
#[1,] 178420 333980 NA
#[2,] 178460 333980 NA

你选择哪一个，然后你就可以做

write.csv(x, "test.csv")

你犯的错误是你没有将as.data.frame的结果赋值给一个变量，然后尝试用write.csv写RasterLayer。这是一个错误，你会得到 ​​p>

write.csv(r)
#Error in as.data.frame.default(x[[i]], optional = TRUE) : 
# cannot coerce class ‘structure("RasterLayer", package = "raster")’ to a 
# data.frame

顺便说一句，如果您有多个栅格，您可能需要先将它们组合起来

s <- stack(r, r, r)
x <- rasterToPoints(s) 
head(x, 2)
#          x      y  test.1  test.2  test.3
#[1,] 181180 333740 633.686 633.686 633.686
#[2,] 181140 333700 712.545 712.545 712.545
write.csv(x, "test.csv")

Answer 2

假设您的栅格是“物种”

 species<- raster("C:/.../species.tif")

要进行这种转换，需要获取每个像素的值：X 坐标 (1)、Y 坐标 (2) 和每个单元格的自身值 (3)。

 # don't run these lines
 #(1) = coordinates (species) [, 1]
 #(2) = coordinates (species) [, 2]
 #(3) = values (species)

有了这些表达式，我们可以将它们添加到数据框中，如下所示

dat<- data.frame("X"=coordinates(species)[,1],"Y"=coordinates(species) 
[,2],"Values"=values(species))