如何在 R 中自动化栅格处理

Question

我有 90 个栅格需要裁剪和重新采样以匹配我的模板栅格。有没有办法让我“自动化”？ （即，只需要运行一次该过程，例如，我可以让它运行一夜）

我知道答案可能是“循环”，但我不知道该怎么做，因为每个原始文件都有不同的名称，最终产品需要具有相同的名称，但以“_final.升序”

这是我一直在使用的代码：

library(raster)

#load original world raster (the one to be processed)
mau <- raster("PATH/name_of_the_raster.asc")

#load bounding box raster made by me (to clip the original and therefore make the next steps easier)
rastergrande <- raster("PATH")

#clip original raster by bounding box raster
intermedio <- crop(mau, rastergrande)

#load my template raster (the one that has the extent and cell size I want)
template <- raster("PATH")

#resample raster to template parameters
novoraster <- resample(intermedio, template, "bilinear")

#assign NA's to where template is NA
values(novoraster)[is.na(values(template))] <- NA

#Export to ascii
writeRaster(novoraster, "PATH/name_of_the_raster_final.asc", overwrite=TRUE)

Answer 1

这个问题的变体已经被问过很多次了。这是一个example

一般的方法是获取包含所有文件名的向量，通常使用list.files，并使用它通过更改名称或路径来制作输出文件名的向量。像这样的：

input <- list.files(path=".", pattern="asc$", full.names=TRUE)
output <- gsub(".tif", "_out.tif", input)

或者换个文件夹

output <- gsub("this/path", "that/path", input)

然后使用循环

for (i in 1:length(input)) {
   # read input[i]
   # write output[i] 
}

一个工作的最小示例（使用单个文件）：

library(raster)
input <- system.file("external/test.grd", package="raster")
# write to current working directory, but with asc extensions
output <- gsub(".grd", ".asc", basename(input))

for (i in 1:length(input)) {
    r <- raster(input[i])
    writeRaster(r, output[i], overwrite=TRUE)
}

另外，与您的问题没有直接关系，但是：

values(novoraster)[is.na(values(template))] <- NA

应该是

novoraster <- mask(novoraster, template)     

Answer 2

您可以使用lapply。您可能需要一个文件名向量，可能带有

fn_list <- list.files("PATH", pattern="asc$")

你的主力函数可能看起来像

one_file <- function(fn, template, rastergrande) {
   mau <- raster(fn)
   intermedio <- crop(mau, rastergrande)
   novoraster <- resample(intermedio, template, "bilinear")
   values(novoraster)[is.na(values(template))] <- NA
   fn_out <- gsub("asc$", "_final.asc", fn)
   writeRaster(novoraster, fn_out)
}

然后您可以在fn_list 上申请one_file：

library(raster)
library(usdm)
library(ggplot2)
library(rgdal)

rastergrande <- raster("PATH")
template <- raster("PATH")

lapply(fn_list, one_file, template=templ, rastergrande=rastergrande)

顺便看看terra包：https://www.youtube.com/watch?v=O8V4QJ13Gjc

Answer 3

在这里您可以使用 for 循环或应用（lapply 和 mapply）

file_names <- list.files("PATH/", pattern = ".tif")
r_list <- lapply(file_names,raster)

rastergrande <- raster("PATH")
template <- raster("PATH")


intermedio <- list()
novoraster <- list()

使用栅格名称创建矢量

rasternames <- c("name1","name2" ...)

用于处理所有栅格的 For 循环

for(i in 1:length(file_names){

intermedio[[i]] <- crop(r_list[[i]], rastergrande)
novoraster[[i]] <- resample(intermedio[[i]], template, "bilinear")  
values(novoraster[[i]])[is.na(values(template))] <- NA

writeRaster(novoraster[[i]], paste0("PATH/", rasternames[i], ".asc"), overwrite=TRUE)

}