我知道我可以使用 ls() 和 rm() 来查看和删除我的环境中存在的对象。
但是，在处理“旧”的 .RData 文件时，有时需要选择环境的一部分来查找要保留的内容和要遗漏的内容。
我想做的是有一个类似 GUI 的界面，让我可以查看对象、对它们进行排序（例如，按大小），并删除我不需要的对象（例如，按复选框界面）。既然我想这样的系统目前还没有在 R 中实现，那么存在哪些方法？你用什么来清理旧的 .RData 文件？
谢谢，
塔尔
【问题讨论】：
标签： r
我从不创建 .RData 文件。如果您正在练习可重复的研究（并且您应该这样做！），您应该能够在 R 文件中获取从输入数据文件到所有输出的源代码。
当您的操作需要很长时间时，缓存它们是有意义的。如果经常使用这样的构造：
if (file.exists("cache.rdata")) {
load("cache.rdata")
} else {
# do stuff ...
save(..., file = "cache.rdata")
}
这使您可以从缓存文件中快速工作，当您需要从头开始重新计算时，您只需删除工作目录中的所有 rdata 文件。
【讨论】：
load进行分析。
基本解决方案是加载您的数据，删除您不想要的数据并保存为新的、干净的数据。
处理这种情况的另一种方法是通过将加载的 RData 加载到自己的环境来控制它
sandbox <- new.env()
load("some_old.RData", sandbox)
现在你可以看到里面有什么了
ls(sandbox)
sapply(ls(sandbox), function(x) object.size(get(x,sandbox)))
那么你有几个可能性：
save(A, B, file="clean.RData", envir=sandbox)
rm(x, z, u, envir=sandbox)
sandbox
我通常会做类似于第三种选择的事情。加载我的数据，进行一些检查，转换，将最终数据复制到全局工作区并删除环境。
你总是可以实现你想要的。所以
vars <- load("some_old.RData")
vars_size <- sapply(vars, function(x) object.size(get(x)))
vars <- vars[order(vars_size, decreasing=TRUE)]vars_size <- vars_size [order(vars_size, decreasing=TRUE)]
vars_with_size <- paste(vars,vars_size)vars_to_save <- select.list(vars_with_size, multiple=TRUE)
rm(vars[!vars_with_size%in%vars_to_save])
为了更好的对象大小，我使用基于getAnywhere(print.object_size)的解决方案
pretty_size <- function(x) {
ifelse(x >= 1024^3, paste(round(x/1024^3, 1L), "Gb"),
ifelse(x >= 1024^2, paste(round(x/1024^2, 1L), "Mb"),
ifelse(x >= 1024 , paste(round(x/1024, 1L), "Kb"),
paste(x, "bytes")
)))
}
然后在4.中可以使用paste(vars, pretty_size(vars_size))
【讨论】：
您可能想查看RGtk2 包。 您可以使用 Glade Interface Designer 轻松创建一个界面，然后将您想要的任何 R 命令附加到它。
如果您想要一个好的起点来“窃取”关于如何使用RGtk2 的想法，请安装rattle 包并运行rattle();。然后看源码，开始制作自己的界面:)
我可能会尝试一下，看看我能不能想出一些简单的东西。
编辑：这是您可以使用的快速而肮脏的代码。最大的问题是，无论出于何种原因，rm 指令都没有被执行，但我不确定为什么......我知道它是中心指令，但至少接口可以工作！ :D
待办事项：
rm 工作remObjEnv 环境中。它不应在当前变量中列出，并且应在关闭窗口时将其删除享受
# Our environment
remObjEnv <<- new.env()
# Various required libraries
require("RGtk2")
remObjEnv$createModel <- function()
{
# create the array of data and fill it in
remObjEnv$objList <- NULL
objs <- objects(globalenv())
for (o in objs)
remObjEnv$objList[[length(remObjEnv$objList)+1]] <- list(object = o,
type = typeof(get(o)),
size = object.size(get(o)))
# create list store
model <- gtkListStoreNew("gchararray", "gchararray", "gint")
# add items
for (i in 1:length(remObjEnv$objList))
{
iter <- model$append()$iter
model$set(iter,
0, remObjEnv$objList[[i]]$object,
1, remObjEnv$objList[[i]]$type,
2, remObjEnv$objList[[i]]$size)
}
return(model)
}
remObjEnv$addColumns <- function(treeview)
{
colNames <- c("Name", "Type", "Size (bytes)")
model <- treeview$getModel()
for (n in 1:length(colNames))
{
renderer <- gtkCellRendererTextNew()
renderer$setData("column", n-1)
treeview$insertColumnWithAttributes(-1, colNames[n], renderer, text=n-1)
}
}
# Builds the list.
# I seem to have some problems in correctly build treeviews from glade files
# so we'll just do it by hand :)
remObjEnv$buildTreeView <- function()
{
# create model
model <- remObjEnv$createModel()
# create tree view
remObjEnv$treeview <- gtkTreeViewNewWithModel(model)
remObjEnv$treeview$setRulesHint(TRUE)
remObjEnv$treeview$getSelection()$setMode("single")
remObjEnv$addColumns(remObjEnv$treeview)
remObjEnv$vbox$packStart(remObjEnv$treeview, TRUE, TRUE, 0)
}
remObjEnv$delObj <- function(widget, treeview)
{
model <- treeview$getModel()
selection <- treeview$getSelection()
selected <- selection$getSelected()
if (selected[[1]])
{
iter <- selected$iter
path <- model$getPath(iter)
i <- path$getIndices()[[1]]
model$remove(iter)
}
obj <- as.character(remObjEnv$objList[[i+1]]$object)
rm(obj)
}
# The list of the current objects
remObjEnv$objList <- NULL
# Create the GUI.
remObjEnv$window <- gtkWindowNew("toplevel", show = FALSE)
gtkWindowSetTitle(remObjEnv$window, "R Object Remover")
gtkWindowSetDefaultSize(remObjEnv$window, 500, 300)
remObjEnv$vbox <- gtkVBoxNew(FALSE, 5)
remObjEnv$window$add(remObjEnv$vbox)
# Build the treeview
remObjEnv$buildTreeView()
remObjEnv$button <- gtkButtonNewWithLabel("Delete selected object")
gSignalConnect(remObjEnv$button, "clicked", remObjEnv$delObj, remObjEnv$treeview)
remObjEnv$vbox$packStart(remObjEnv$button, TRUE, TRUE, 0)
remObjEnv$window$showAll()
【讨论】：
一旦确定了要保留的内容，就可以使用 gdata 包中的函数 -keep- 来完成其名称所暗示的工作。
a <- 1
b <- 2
library(gdata)
keep(a, all = TRUE, sure = TRUE)
有关 -all- 和 -sure- 选项的详细信息，请参阅帮助（保留）。
all: whether hidden objects (beginning with a .) should be removed, unless explicitly kept.
sure: whether to perform the removal, otherwise return names of objects that would have been removed.
这个函数非常有用，我很惊讶它不是 R 本身的一部分。
【讨论】：
OS X gui 确实有这样的东西，它被称为工作区浏览器。很方便。
我还希望有一个界面可以显示对象之间的会话依赖关系，即，如果我从 plot() 开始并向后工作以查找用于创建它的所有对象。这需要解析历史记录。
【讨论】：
?browseEnv浏览任何平台下的工作区。 ls.str 提供了一个控制台替代方案。
它没有用于删除的复选框，而是选择文件然后单击删除。但是，下面的解决方案很容易实现：
library(gWidgets)
options(guiToolkit="RGtk2")
## make data frame with files
out <- lapply((x <- list.files()), file.info)
out <- do.call("rbind", out)
out <- data.frame(name=x, size=as.integer(out$size), ## more attributes?
stringsAsFactors=FALSE)
## set up GUI
w <- gwindow("Browse directory")
g <- ggroup(cont=w, horizontal=FALSE)
tbl <- gtable(out, cont=g, multiple=TRUE)
size(tbl) <- c(400,400)
deleteThem <- gbutton("delete", cont=g)
enabled(deleteThem) <- FALSE
## add handlers
addHandlerClicked(tbl, handler=function(h,...) {
enabled(deleteThem) <- (length(svalue(h$obj, index=TRUE)) > 0)
})
addHandlerClicked(deleteThem, handler=function(h,...) {
inds <- svalue(tbl, index=TRUE)
files <- tbl[inds,1]
print(files) # replace with rm?
})
【讨论】：
这个可怜的人的答案可能是：
ls()
# spot the rank of the variables you want to remove, for example 10 to 25
rm(list= ls()[[10:25]])
# repeat until satisfied
【讨论】：
要清理整个环境，您可以尝试：
rm(list(ls())
【讨论】：