如何循环通过多个 RasterBrick 来创建一个大的 RasterBrick？

Question

我的问题进一步建立在较早的帖子 How to extract data from a RasterBrick? 之上。我有多个 netCDF 文件，其中包含不同时间段（每个 6 个月）的纬度、经度和深度的温度数据。我也有一个带有纬度、经度和时间的数据框，我想从 netcdf 文件中提取海面温度数据。在我提取这些数据之前，我想将所有 netcdf 文件转换并合并到一个 RaterBrick（更易于使用）。当我使用循环“砖”和“合并”文件时，它会创建一个只有一层的 RasterLayer 对象，而不是我期望的 Raster Brick。我已经搜索了互联网，但到目前为止我找不到解决这个问题的正确方法。

我对使用循环不熟悉，所以如果我问一个答案很简单的问题，我很抱歉，但我真的可以使用一些建议。

这是我到目前为止所做的：

创建所有 netcdf 文件的文件列表。

#Open all files, creats a list of 12 files
    files= list.files('copernicus/daily_temp/',pattern='*.nc', full.names=TRUE)

尝试循环遍历文件列表来创建积木。将这些多层砖合并在一起，形成一个大的 RasterBrick，每天有海面（level=1）温度数据。

# Loop over files to creat a RasterBrick of temp at SST
for(i in 1:length(files)) {
  temp <- brick(files[i], varname="votemper",level=1)
  temp.brick<-merge(temp)}

# Look what one brick is build out of
> temp
class       : RasterBrick 
dimensions  : 375, 297, 111375, 184  (nrow, ncol, ncell, nlayers)
resolution  : 0.11111, 0.06667  (x, y)
extent      : -19.94444, 13.05523, 40.03333, 65.03459  (xmin, xmax, ymin, ymax)
coord. ref. : +proj=longlat +datum=WGS84 +ellps=WGS84 +towgs84=0,0,0 
data source : C:\Users\PFA\Dropbox\HOM\copernicus\daily_temp\daily_temp_2003_2.nc 
names       : X2003.07.01, X2003.07.02, X2003.07.03, X2003.07.04, X2003.07.05, X2003.07.06, X2003.07.07, X2003.07.08, X2003.07.09, X2003.07.10, X2003.07.11, X2003.07.12, X2003.07.13, X2003.07.14, X2003.07.15, ... 
Date        : 2003-07-01, 2003-12-31 (min, max)
varname     : votemper 
level       : 1 

   # Look at what the merged bricks are build out of 
class       : RasterLayer 
dimensions  : 375, 297, 111375  (nrow, ncol, ncell)
resolution  : 0.11111, 0.06667  (x, y)
extent      : -19.94444, 13.05523, 40.03333, 65.03459  (xmin, xmax, ymin, ymax)
coord. ref. : +proj=longlat +datum=WGS84 +ellps=WGS84 +towgs84=0,0,0 
data source : in memory
names       : layer 
values      : 280.677, 297.669  (min, max)

Answer 1

您可以尝试手动创建第一块积木，然后遍历其余文件，合并它们。如果这不适合您的 RAM，您可能需要切换到使用硬盘驱动器上的文件。请参阅最后一个 ?merge 示例以了解如何执行此操作。

tmp <- brick(files[1], ...) # create first brick
for (i in 2:length(files)) {
  newbrick <- brick(files[i], ...) # this will be the second file in first iteration
  # on first iteration, it will merge file 1 and 2
  # on second interation, merged file (1,2) and file 3
  # on third iteration, merged file (1,2,3) and file 4
  # ...
  mergedbrick <- merge(tmp, newbrick) 

}