igraph 和 read.table，R 中的孤立顶点答案

【问题标题】：igraph and read.table, isolated vertices in Rigraph 和 read.table，R 中的孤立顶点
【发布时间】：2016-06-07 09:13:41
【问题描述】：

我看到 R 中的 igraph 需要如下结构的数据：

nodeA  nodeB   int_1 int_2
AA      BD      6   X   
BD      CA      8   Y
AA      DE      7   Y
...     ...     ... ...

我通过

看到了这一点

data<-read.table(file)
graph.data.frame(data)

我获取了对应的网络。

现在说我必须放置隔离节点，我在文档中进行了搜索，但找不到任何可以回答我问题的内容。

如何在原始文件中指定它们？

我想到了类似的东西（比如 .sif 格式）

nodeA  nodeB   int_1 int_2
AA      DE      7   Y
...     ...     ... ...
isoNodeA
isoNodeB
...

但显然 read.table 不接受行之间不同数量的字段。

【问题讨论】：

标签： r networking graph igraph rscript

【解决方案1】：

你可以这样试试：

data<-read.table(header=T, fill = TRUE, stringsAsFactors=F, text="
nodeA  nodeB   int_1 int_2
AA      BD      6   X   
BD      CA      8   Y
AA      DE      7   Y
ZZ
DE      BD      7   Y")
data[data==""] <- NA

library(igraph)
g <- graph.data.frame(
  data[complete.cases(data),], 
  vertices = unique(na.omit(unlist(data[1:2]))))
plot(g)

【讨论】：