将 Rscript 中的布尔值输出到 Bash 变量中答案

【问题标题】：Output a boolean from an Rscript into a Bash variable将 Rscript 中的布尔值输出到 Bash 变量中
【发布时间】：2012-05-13 20:34:10
【问题描述】：

我有一个输出 TRUE 或 FALSE 的 R 脚本。在 R 中，它使用真正的 T/F 数据类型，但是当我将其返回值回显到 bash 时，它似乎是一个字符串，说：

"[1] TRUE"

或

"[1] FALSE"

它们都以 [1] 开头。 [0] 也不是，这不是错字。无论如何，结果是当我尝试在此 Rscript 的输出上进行测试以运行后续脚本时，我必须如下与“[1] TRUE”进行字符串比较，而不是与“TRUE”或“ 1" 感觉更干净更好。

A=$(Rscript ~/MyR.r)
echo $A
if [ "$A" == "[1] TRUE" ]; then
    bash SecondScript.sh
fi

如何让 R 输出一个真正的布尔值，或者 Bash 接受输出字符串并将其转换为 0/1 以进行比较？也就是说，我宁愿测试...

if [ $A == TRUE ];

比

if [ "$A" == "[1] TRUE" ];

这可能吗，或者我应该对此感到满意吗，它是如何工作的？

*** 更新 ***

这是生成这个的 Rscript 的最小化版本...

myinput <- TRUE #or FALSE

FunctionName <- function(test){
  if (test == TRUE){
    val <- TRUE
  } else {
    val <- FALSE
  }
  return(val)
}

FunctionName(myinput)

【问题讨论】：

仅供参考，[1] 告诉您这是向量的第一个元素。如果您打印一个包含多个元素的向量，使得打印输出延伸超过一行，R 将打印 [11]、[21]、[31] 等，以便您知道（例如）它打印的 10每行的值。如果您打印一个矩阵，它会将行和列标记为 [,1] 和 [1,]。
除了下面给出的好的解决方案之外，我相信你可以在Rscript中使用q(status = val)来表示从Rscript返回给shell的是什么值。但是，如果您正在与协作者一起工作，请注意这一点——返回值通常用于对错误消息进行编码，因此它们可能会将非零返回值作为值得担心的事情，而不仅仅是一个简单的答案。

标签： r bash

【解决方案1】：

您应该使用cat()，而不是使用 print() 或在向 R 解释器提供对象名称时发生的隐式 print()-ing，它不会在前面添加“[1]” TRUE 或 FALSE。如果你想要 0/1，那么使用cat(as.numeric(.))。试试这个：

myinput <- TRUE #or FALSE
FunctionName <- function(test){
   if (test == TRUE){
              val <- TRUE
                    } else {
              val <- FALSE
            }
   cat(as.numeric(val))
}
FunctionName(myinput)

如果您需要该值进行进一步处理，您也可以使用：

cat(as.numeric(val)); invisible(val)

【讨论】：

这非常有效。感谢您也向我介绍了 invisible()。

【解决方案2】：

您还可以在 bash 中定义一个函数，将 R 输出转换为 TRUE/FALSE：

r_to_bash() {
  echo "$1" | cut -d' ' -f2
}

现在你可以像这样使用它：

A=$(r_to_bash "$A")
if [ $A == TRUE ];

【讨论】：

或r_to_bash() { echo "${1#* }"; }

【解决方案3】：

您还可以将脚本的最后一行更改为：

write( FunctionName( myinput ), stdout())

这将只打印不带 [1] 的 TRUE。

【讨论】：

【解决方案4】：

除了更改 R 脚本的功能外，您还可以在 Bash 端执行以下任一操作：

if [[ $A == *TRUE* ]]

或

if [[ $A =~ TRUE ]]

在第二种情况下，使用正则表达式匹配，通常建议将模式放入变量中：

pattern=TRUE
if [[ $A =~ $pattern ]]

但在诸如此类明显简单的情况下，这是不必要的。

【讨论】：