使用 r markdown 和 knitr 访问由 R 脚本生成的数据

Question

我是 R markdown 和 knitr 的新手，还没有找到这个问题的答案：

我有 R 脚本，我在其中编写了函数并将数据分配到位置 1 (.GlobalEnv)。如何访问我的数据并在 R markdown 中运行我的函数并使用 knitr 生成 .html 文件？

这是一个简单的例子。在我生成的脚本文件中：

some.x.data<-1:10
some.y.data<-1:10
toy.fn<-function(){
  tot<-some.x.data + some.y.data
  tot
}

toy.fn() 在脚本文件中起作用。

我的 R markdown 文件包含：

---
title: "trivial test"
author: "me"
date: "July 9, 2015"
output: html_document
---


```{r}
plot(some.x.data, some.y.data)
toy.fn()
```

当我单击 knit HTML 时，我收到以下错误：

绘图错误（some.x.data，some.y.data）：找不到对象“some.x.data” 调用：... withCallingHandlers -> withVisible -> eval -> eval -> plot

谢谢

Answer 1

RStudio 打开一个新的 R 会话到 knit() 你的 Rmd 文件，所以 .GlobalEnv 中的对象将不能用于该会话（它们是两个单独的会话），所以当你在 knitring @ 987654325@ 没有办法知道some.x.data、some.y.data 和toy.fn 是什么。

或者您需要在Rmd 文件中重新创建它们。如果您不想要任何输出，请执行以下操作：

```{r, echo = FALSE, message = FALSE}
some.x.data<-1:10
some.y.data<-1:10
toy.fn<-function(){
  tot<-some.x.data + some.y.data
  tot
}
```

完整的Rmd:

---
title: "trivial test"
author: "me"
date: "July 9, 2015"
output: html_document
---
```{r, echo = FALSE, message = FALSE}
some.x.data<-1:10
some.y.data<-1:10
toy.fn<-function(){
  tot<-some.x.data + some.y.data
  tot
}
```
```{r}
plot(some.x.data, some.y.data)
toy.fn()
```

或者

knit自己手动：library(knitr); knit('your_file.Rmd')