Python subprocess.Popen：使用“>”进行重定向不起作用答案

【问题标题】：Python subprocess.Popen: redirection with ">" does not workPython subprocess.Popen：使用“>”进行重定向不起作用
【发布时间】：2015-10-30 09:56:52
【问题描述】：

以下代码在 Python 中无法正常工作。问题是输出没有通过使用>重定向到output：

command = toolpath + " " + query + " " + number + " > " + output;
process = subprocess.Popen(command.split(), stdout=subprocess.PIPE);
output = process.communicate()[0];

如果打印出来，命令其实如下：

./subsetA.pl ./remainingqueries.fasta 100 > ./tmpQuery.fasta

因此，perl 脚本subsetA.pl 接受两个参数并将其写入stdout，然后重定向到tmpQuery.fasta。但调用命令后tmpQuery.fasta 为空。

如果我直接在 CLI 上运行它，那么它可以完美运行。

【问题讨论】：

你在 Popen 中用shell=True 试过了吗？
现在 perl 脚本没有得到参数 :-(
啊，是的，你不需要拆分了
等瞧...谢谢！就是这样

标签： python bash process

【解决方案1】：

您不需要带有Popen 的shell 的输出重定向运算符；这就是 stdout 参数的用途。

command = [toolpath, query, number]
with open(output) as output_fh:
    process = subprocess.Popen(command, stdout=output_fh)

由于您调用communicate 来获取标准输出，但您根本不想重定向输出：

command = [toolpath, query, number]
process = subprocess.Popen(command, stdout=subprocess.PIPE)
output = process.communicate()[0]

【讨论】：

感谢您的提示。如何将输出写入文件？
这就是第一个命令的作用。您在 Python 中打开文件，并将 file 对象传递给 Popen 以让它为子进程设置标准输出。

【解决方案2】：

你可以试试

command = toolpath + " " + query + " " + number + " > " + output;
process = subprocess.Popen(command.split(), stdout=subprocess.PIPE,Shell=True);
output = process.communicate()[0];

【讨论】：

现在 perl 脚本没有得到参数 :-(

【解决方案3】：

当前的两个答案都不起作用！

这可行（在 Python 3.7 上测试）：

subprocess.Popen(['./my_script.sh arg1 arg2 > "output.txt"'],
                 stdout=subprocess.PIPE, shell=True)

注意：

Popen 中不需要拆分或数组。
stdout 和 shell 参数都是必需的。

【讨论】：