grDevices 保持文件打开

Question

我正在使用 rpy2 将现有的 R 包绑定到 Web 服务进行概念验证。如果需要解决此问题，我确实有包的来源。我目前也在windows上开发，不过如果用linux来解决这个问题就好了，因为这是我规划的环境。

对于我在这个 POC 中的第一点，我试图捕获由这个包制作的图表，并使用 Flask 将其提供给 Web 请求。完整代码：

from flask import Flask, Response
from rpy2.robjects.packages import importr
import rpy2.robjects as ro
from tempfile import TemporaryDirectory
from os import path

app = Flask(__name__)

null = ro.r("NULL")
numeric = ro.r("numeric")
grdevices = importr("grDevices")
efm = importr('euroformix')

@app.route('/')
def index():    
    table = efm.tableReader('stain.txt')
    list = efm.sample_tableToList(table)

    with TemporaryDirectory() as dir_name:
        print("Working in {0}".format(dir_name))
        png_path = path.join(dir_name, "epg_mix.png")
        print("png path {0}".format(png_path))
        grdevices.png(file=png_path, width=512, height=512)
        # Do Data Science Stuff Here
        grdevices.dev_off()

        with open(png_path, 'rb') as f:
            png = f.read()
            return Response(png, "image/png")

if __name__ == '__main__':
    app.run(debug=True)

点击服务时，我返回PermissionError: [WinError 32] The process cannot access the file because it is being used by another process: 'C:\\Users\\matt\\AppData\\Local\\Temp\\tmpgg65cagq\\epg_mix.png'

查看调用堆栈，它发生在TempDirectory() 去清理时。使用 Flask 调试器，png 变量也是空的。

那么，如何让grDevices 关闭文件？还是我需要以不同的方式处理我的 POC？

Answer 1

rpy2 在 Windows 上不受完全支持，在 Linux（或 OS X）上运行的可能不完全支持。由于您正在使用 Flask 开发 PoC，我鼓励您尝试使用 Docker（在 Windows 上使用 docker-machine）。你可以使用 rpy2 的 docker 镜像作为基础镜像。

但是，这里只是使用 R 函数 png() 和 dev.off() 所以它“应该”工作。

我有 3 条建议：

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1-

你的“做数据科学的东西”块是否制作任何 R 图？如果不是，这将解释为什么您的 Python 对象 png 为空。

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2-

如果使用 R 的 grid 系统（例如，通过 lattice 或 ggplot2）并且您正在评估字符串作为 R 代码，最好明确要求 R 绘制图形。例如：

p <- ggplot(mydata) + geom_point(aes(x=x, y=y))
print(p)

而不是

ggplot(mydata) + geom_point(aes(x=x, y=y))

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3-

尝试将return Response(png, "image/png") 移动到TemporaryDirectory 的上下文管理器块之外