rpy2 不会将“_”翻译成“。”

Question

我正在尝试使用从 R 使用 rpy2 导入的函数“read.csv”在 Python 中读取 csv 文件。

r_read_csv = robjects.r['read.csv']
r_read_csv("initVar.csv", header = True, row_names = 1)

但是，上面的代码会返回错误消息：

rpy2.rinterface_lib.embedded.RRuntimeError: Error in read.table(file = file, header = header, sep = sep, quote = quote,  : 
    unused argument (row_names = 1)

在 R 中，参数的名称是 row.names。但是，我不能使用点，因为它在 Python 中的含义不同。

我认为 rpy2 将“_”翻译成“.”。至少这是我从他们的documentation 中了解到的。看来我错了。

问题：在这种情况下如何指定row.names = 1？

Answer 1

我确实重现了有趣的错误！ rpy2 中的 read.csv 似乎没有继承其父函数 read.table，因此无法识别 row_names 参数。但是，您可以使用read.table，确保指定默认值read.csv：

read_tbl = robjects.r['read.table']

rdf = read_tbl("/path/to/data.csv", header = True, row_names = 1, sep = ",")

同样，如果您对 utils 包使用 importr 方法：

from rpy2.robjects.packages import importr
...
utils = importr("utils")

rdf = utils.read_table("/path/to/data.csv", header = True, row_names = 1, sep = ",")

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但是，以下两种方法都不适用于 Python，但适用于 R：

Python

read_csv = robjects.r['read.csv']
rdf = read_csv("/path/to/data.csv", row_names = 1)

utils = importr("utils")
rdf = utils.read_csv("/path/to/data.csv", row_names = 1)

R

df <- read.csv("/path/to/data.csv", row.names = 1)