如何从在 Python 中执行的 R 脚本返回多个对象答案

【问题标题】：How to return multiple objects from R script executed in Python如何从在 Python 中执行的 R 脚本返回多个对象
【发布时间】：2019-02-27 23:09:59
【问题描述】：

所以我正在努力使用 rpy2 包来集成 R 和 Python 之间的一些工作流。

例如，假设我正在尝试运行一个在 R 中进行线性回归的 Python 脚本，并且我想返回其中的所有元素（实际上我正在尝试做一些比这更复杂的事情） .

我在 Python 中执行以下操作（调用 R；假设您已安装 rpy2）：

import rpy2.robjects as ro
test = ro.r('''
            # Load in data
            df <- mtcars
            # Run regression
            out = lm(formula='mpg ~ cyl + hp + wt',data=df)
            ''')

现在呢？我有一个问题：

如何从结果中提取各种元素？在 R 中，它们将是 out$coefficients 和 out$residuals 等。我知道有这方面的文档，但我有点迷茫。理想情况下，我希望元素采用有用的格式，例如 pandas 数据框或索引列表等。
df 会发生什么？ robjects.r() 似乎只是保存了您最后提供的任何东西，并丢弃了其他所有东西。我想我可以使用它，但这并不理想。
与 2 相关：有更好的方法吗？一般来说，如果有人可以为这类事情提出“最佳实践”，那将很有帮助，因为我确信有很多人对使用 Python 感兴趣，但偶尔有一个非常自定义的函数需要调用 using R 但他们不想看中集成。也许使用 Pythonic 输入参数调用 R 函数的方法会很棒。

【问题讨论】：

任何明智的接口都会为您提供某种类似列表的结构，其索引的名称与您在 R 中找到的名称相同。python 没有与 R 的str 类似的功能。它必须。搜索。 stackoverflow.com/questions/27637281/…
当然。我能够（在上述情况下）通过以下方式提取系数：rpy2.robjects.pandas2ri.ri2py(test.rx2('coefficients'))，但这仍然不能回答test 中df 发生的情况，而且它也掩盖了这个解决方案的笨拙程度应该是rpy2的基本功能
我不明白。您似乎正在通过一个接口访问 R 功能，该接口预计只返回 out 的值，至少如果我了解典型的函数式编程的话。您是否希望将所有 R 环境都返回给 python？我想这是可能的，但这不是我作为经验丰富的 R 用户所期望的。您能否指出建议 R 环境中的所有对象在将控制权返回给 python 后都应该可用的文档？
我想我只是觉得奇怪的是该脚本没有返回整个环境，因为我没有进行特定的函数调用。从理论上讲，df 与通过test 访问的out 一样有效。唯一的区别是它们被调用的顺序。我写在这里是因为这里的文档不是很好...
即使在函数外部执行多行表达式，R 也只返回最后一次求值的结果。返回多个对象的方法是将list(.) 包裹在它们周围，就像使用函数时一样。

标签： python r rpy2

【解决方案1】：

Q.1：如何从结果中提取各种元素？

Ans.1：运行 R 脚本后：

test = ro.r(your_R_script)

您可以使用此代码打印出test 对象中的所有names 和values。

# iterate on names and values
# be careful output is v long
for n,v in test.items():
    print(n)
    print(v)

要列出所有可用的names，请运行以下代码：

test.names

输出：

StrVector with 12 elements.
'coeffici... 'residuals' 'effects' 'rank' ... 'xlevels' 'call'  'terms' 'model'

要打印“残差”的值，请运行以下命令：

test[test.names.index('residuals')]

Q.2：df 会发生什么？

Ans.2：它在 R 环境中仍然可用，直到您将其删除。您可以运行简单的 R 代码进行检查：

ro.r('''
        # View dataframe
        df
        ''')

Q.3：有更好的方法吗？

Ans.3：（没有答案。）

【讨论】：