我遇到了一个奇怪的问题。我可以使用 R/ggplot2 创建和保存 pdf 文件，并在 R 控制台运行时查看它们。一旦我退出 R 控制台，Mac OS X 上的预览将不再显示 PDF。我已经能够保存没有问题的 .png 文件，但由于我无法控制的原因，我需要保存为 pdf 文件。我用来保存的代码如下：
pdfFile <-c("/Users/adam/mock/dir/structure.pdf")
pdf(pdfFile)
ggplot(y=count,data=allCombined, aes(x=sequenceName, fill=factor(subClass))) + geom_bar()
ggsave(pdfFile)
有没有人遇到过类似的问题？如果是这样，我需要做什么来修复它？ 非常感谢您的宝贵时间。
【问题讨论】：
问题是你没有用dev.off()关闭pdf()设备
dat <- data.frame(A = 1:10, B = runif(10))
require(ggplot2)
pdf("ggplot1.pdf")
ggplot(dat, aes(x = A, y = B)) + geom_point()
dev.off()
这很有效：
ggplot(dat, aes(x = A, y = B)) + geom_point()
ggsave("ggplot1.pdf")
但不要将两者混为一谈。
【讨论】：
ggsave() 有一个参数 plot 的默认值，last_plot() 的结果。因此，我回滚了您的编辑。
它在 R 常见问题解答中，你需要一个 print() 来围绕你对 ggplot() 的调用 -- 并且你还需要使用 dev.off() 关闭绘图设备，即尝试
pdfFile <-c("/Users/adam/mock/dir/structure.pdf")
pdf(pdfFile)
ggplot(y=count,data=allCombined,aes(x=sequenceName,fill=factor(subClass)))
+ geom_bar()
dev.off()
编辑：我在dev.off() 上猜对了一半，显然不需要print()。加文的回答还有更多。
【讨论】：
下面的情节
pdf("test.pdf")
p <- qplot(hp, mpg, data=mtcars, color=am,
xlab="Horsepower", ylab="Miles per Gallon", geom="point")
p
dev.off()
在控制台中有效，但在函数中或从文件中获取时无效。
myfunc <- function() {
p <- qplot(hp, mpg, data=mtcars, color=am,
xlab="Horsepower", ylab="Miles per Gallon", geom="point")
p
}
pdf("test.pdf")
myfunc()
dev.off()
会产生一个损坏的 pdf 文件，我们使用修复它的方法
print(p)
在函数内。
在控制台中。 “p”会自动打印，但不会在函数中或在您获取文件时打印。
【讨论】：
如果您想将其命名为“ggplot1”或您选择的任何简洁对象名称以外的名称，您还可以在 ggsave 中更改 pdf 绘图的文件名；只需先给出文件名，然后告诉它您指的是哪个情节，例如：
a <- ggplot(dat, aes(x = A, y = B)) + geom_point()
ggsave("Structure.pdf",plot=a)
【讨论】：
pdfFile中的值）保存绘图。这并不能回答给定的问题。