如何在 Rpy2 中提取“RS4”元素答案

【问题标题】：How to extract 'RS4' element in Rpy2如何在 Rpy2 中提取“RS4”元素
【发布时间】：2015-04-12 03:13:04
【问题描述】：

我是《Applied Spatial Data Analysis with R》一书的中文读者，这本书对空间分析工作非常有用。我尝试使用 Rpy2 将 R 代码翻译成 python，因为 python 可以处理更复杂的数据源。但我对 Rpy2 代码有疑问。 NY8 数据随电子邮件附上。 R代码是：

library(rgdal)
NY8<-readOGR(".","NY8_utm18")
Syracuse<-NY8[NY8$AREANAME=="Syracuse city",]
Sy2_nb<-poly2nb(Syracuse,queen=FALSE)
library(spdep)
Sy2_nb<-poly2nb(Syracuse,queen=FALSE)
Sy2_lw<-nb2listw(Sy2_nb)
moran.plot(NY$POP8,Sy2_lw)

我用Rpy2翻译的时候，代码是：

>>> from rpy2.robjects.packages import importr
>>> utils = importr('utils')
>>> utils.install_packages('rgdal')
>>> rgdal=importr('rgdal')
>>> import os
>>> os.chdir("C:\\PYDATA\\NY")
>>> NY8=rgdal.readOGR(".","NY8_utm18")
>>> print(robjects.r['summary'](NY8))

当我想翻译代码“Syracuse

>>>Syracuse=NY8[NY8$AREANAME=="Syracuse city",]

显示错误信息：SyntaxError: invalid syntax 看来我无法通过“$”提取“AREANAME”，因为“$”在python中是非法的。

【问题讨论】：

标签： python geospatial rpy2

【解决方案1】：

无法得到接受的答案，所以写了这个函数：

def subset_RS4(rs4, subset):
    subset_func = r("""function(o, s){
    o[s]
    }
    """)
    return subset_func(rs4, subset)

现在您可以调用subset_RS4，将您的对象作为第一个参数，将子集作为另一个参数。

我是这样使用它的：

subset1 = r[">"](r["width"](peaks1), args.min_width)
print(subset_RS4(peaks1, subset1))

【讨论】：

【解决方案2】：

使用方法rx2(https://rpy2.github.io/doc/latest/html/vector.html#extracting-r-style)：

NY8.rx2("AREANAME")

如果这是一个 S4 对象（您的评论建议如此），一个简单的方法是获取通用“$”并将其用作函数。

base = importr("base")
# "$" is not a syntactically valid name for a Python function,
# so we fetch it form the instance's dictionary of attributes

dollar = base.__dict__["$"]
dollar(NY8, "AREANAME")

【讨论】：

谢谢！我尝试了代码，但显示错误消息“AttributeError：'RS4'对象没有属性'rx2'”。
谢谢！我尝试了“dollar = base.__dict("$")”，但显示了错误消息“TypeError: 'dict' object is not callable”。
错字。 "(" -> "["。固定
非常感谢！它适用于“print(dollar(NY8, "AREANAME"))”。
很好的解决方案！不过有一件事，与此同时，S4 方法由@ 而不是$ 访问。