Python数据框转换为具有空值的R数据框答案

【问题标题】：Python Dataframe conversion to R dataframe with null valuesPython数据框转换为具有空值的R数据框
【发布时间】：2020-08-03 03:05:31
【问题描述】：

我正在使用 rpy2 包将空 python 数据帧转换为 r 数据帧，它工作得非常好，除了我的列中有空值导致转换期间出错

patients_list_df = load_df_state('temp_data/patients_list_df.csv')
with localconverter(ro.default_converter + pandas2ri.converter):
    patients_list_df = ro.conversion.py2rpy(patients_list_df)

/Users/dev/venv/lib/python3.7/site-packages/rpy2/robjects/pandas2ri.py:63：用户警告：尝试转换列时出错 “term_dt_datetime”。回退到字符串转换。错误是：系列只能是一种类型，或无（这里我们有和）。 % (name, str(e))) 属性错误： 'float' 对象没有属性 'encode'

我有 5 个数据帧，其中一些空值在 python pandas 中表示为 NaN 一些表示为 NaT 但我不知道如何在 R 代码中解决这个问题。稍后将根据其各自的数据类型处理这些列。

版本：

熊猫==1.0.1

rpy2~=3.3.5

【问题讨论】：

您使用的 rpy2 版本可能很重要。 pandas 对 NA 的处理方式最近发生了变化。
随版本更新

标签： python r rpy2

【解决方案1】：

rpy2 很快就会回避猜测 pandas DataFrame 中的列 (Series) 的类型可能是什么。这里可能发生的情况是您有一个numpy.dtype('O') 类型的列，即该列/numpy 1D-array 中的每个项目都可以是任何类型的 Python 对象。

rpy2 的默认值是检查数组中的类型是否是同质的：对于数组中的所有项，只有一种类型，或者None/NaN/pandas.isna() 返回True。代码在这里：https://github.com/rpy2/rpy2/blob/v3.3.x/rpy2/robjects/pandas2ri.py#L170

所以理论上应该没有问题。如果您能够提供一个最小的独立示例来重现它，就会更容易看到它发生了什么。

【讨论】：