使用 rpy2.rpy_classic 将脚本从 rpy 转换为 rpy2

Question

对于python，我有点新手，但我想将使用rpy 的python 脚本转换为使用rpy2 的python 脚本。我们确实在某处安装了 rpy（对于 python 2.6.x），但它与当前版本的 R（3.2.0）并没有很好地配合。但是，我们确实为这些脚本中使用的 python 版本安装了 rpy2 (python 2.7[.5])

据我所知，这些是需要更改的行（我已经稍微简化了功能）：

from rpy import r

r.library('<libname>', quietly=True)
r("""\
func <- function(x,a={options.a},b={options.b})  {{
... 
*R code here* 
...
l<-list(o=o,md=a+b) 
l
}}""".format(options=options))

在脚本的后面，有一行调用了这个函数：

out = r.func(<python expression>)['o']

前半部分我可以这样做：

import rpy2.rpy_classic as rpy

rpy.set_default_mode(rpy.NO_CONVERSION)

rpy.r.library('<libname>', quietly=True)
rpy.r("""\
func <- function(x,a={options.a},b={options.b})  {{
... 
*R code here* 
...
l<-list(o=o,md=a+b) 
l
}}""".format(options=options))

在交互式提示下尝试上述操作（使用一些假数据），输出为：

<rpy2.rpy_classic.Robj object at 0x2b9e48481510>

但我需要函数rpy.r.func 的输出值而不是其未转换的值（因为我需要获取func(<expression)$o 值）

我在正确的轨道上前进吗？以及如何重写 rpy (v1) 代码以便得到我想要的（来自 rpy2）？

Answer 1

rpy_classic 在早期主要是为了证明 rpy2 中的低级接口可用于实现任何高级接口，包括 rpy 中的接口。它并不是一个终极的兼容性工具。

使用 rpy2 的高级接口 robjects，您的 rpy 代码将如下所示：

from rpy2.robjects.packages import importr
from rpy2.robjects import r

lib=importr('<libname>')
rfunc=r("""
  function(x,a={options.a},b={options.b})  {{
    ... 
    *R code here* 
    ...
    l<-list(o=o,md=a+b) 
    l
  }}""".format(options=options))

out = rfunc(<python expression>).rx2('o')