绘制多于一列+facet_grid（ggplot）

Question

我的数据框是这样的：

    NUMBER  MEDIUM  DATE    DAY TREAT   NITRAT  SILI    PHOSPHAT
1   NUT1    15/07/2016  two NBNA    20.831  20.946  0.518
2   NUT2    15/07/2016  two NBNA    26.594  25.075  1.059
3   NUT3    15/07/2016  two NBNA    47.565  42.088  7.733
4   NUT4    15/07/2016  two NBNA    61.320  53.264  6.331
5   NUT5    15/07/2016  two NBNA    64.918  52.058  4.889
6   NUT1    15/07/2016  two NBNA    19.876  22.000  0.852
7   NUT2    15/07/2016  two NBNA    29.642  29.572  1.184
8   NUT3    15/07/2016  two NBNA    37.969  35.015  4.293
9   NUT4    15/07/2016  two NBNA    56.724  45.986  6.880
10  NUT5    15/07/2016  two NBNA    66.006  53.175  5.893
11  NUT1    15/07/2016  two NBNA    21.835  20.710  0.770
12  NUT2    15/07/2016  two NBNA    25.996  26.213  1.149
13  NUT3    15/07/2016  two NBNA    48.526  46.167  3.977
14  NUT4    15/07/2016  two NBNA    56.767  47.089  6.684
15  NUT5    15/07/2016  two NBNA    64.841  54.039  6.628
16  NUT1    15/07/2016  two NBA1    13.179  18.723  0.826
17  NUT2    15/07/2016  two NBA1    18.631  23.537  0.859

我想将 NITRAT、SILI 和 PHOSPHAT（带误差线）的值按 MEDIUM 排序放入 ggplot 中。总之，像这样（但也有错误栏）： 为此，我尝试了功能 melt：

df <- melt(nut, id.vars='MEDIUM')

但是使用此功能后我无法使用 facet_grid

ggplot() +
  geom_bar(data=df, aes(x=MEDIUM, y=value, fill=MEDIUM),
           stat="identity", colour="black") + facet_grid(~TREAT)

Answer 1

这里有一些问题需要清理：

1. 首先，只有您要“堆叠”的列（即用于fill 美学）不应在id.vars 中：

   df <- melt(nut, id.vars=c('MEDIUM','NUMBER','DATE','DAY','TREAT')
   

   用id.vars 的不同组合尝试上面的代码，以了解它是如何工作的。

2. fill=variable 现在将为您提供三种测量类型（NITRAT、SILI 和 PHOSPHAT）中的每一种的条形图。 TREAT 仍将是熔化数据框中的一列，因为它是 id.vars 之一，因此您可以将其用于分面。

3. 另一个问题是，看起来您实际上希望这些条形图是进入该条形图的所有值的平均值。所以你不想要stat="identity"。相反，请使用stat_summary 计算均值并将它们绘制为条形图。

4. 要添加错误栏，请再次调用stat_summary。我使用了自举置信区间 (mean_cl_boot)。对于经典置信区间，请使用 mean_cl_normal。

   pd=position_dodge(0.8)
   
   ggplot(df, aes(x=MEDIUM, y=value, fill=variable)) +
     stat_summary(fun.y=mean, geom="bar", width=0.7, position=pd) + 
     stat_summary(fun.data=mean_cl_boot, geom="errorbar", position=pd, width=0.3) +
     facet_grid(. ~ TREAT) +
     theme_bw()
   

对于这样的情节，点可能比条更好。在这里，我们首先绘制误差条而不是第二条，因为我们希望这些点“位于”条的“顶部”。在这里没关系，因为两者颜色相同，但我这样做是出于习惯，因为我经常为误差线使用不同的颜色或透明度：

pd=position_dodge(0.4)

ggplot(df, aes(x=MEDIUM, y=value, colour=variable)) +
  stat_summary(fun.data=mean_cl_boot, geom="errorbar", position=pd, width=0.3) +
  stat_summary(fun.y=mean, geom="point", position=pd) + 
  facet_grid(. ~ TREAT) +
  theme_bw()