缓存在 RMarkdown 中实际缓存了什么？附件中的错误

Question

我刚刚开始测试 Rmarkdown 以用于创建数据集的码本，我对它在使用 cache = TRUE 时的行为感到非常困惑。我正在使用 RStudio 1.1.463 运行它。 rmarkdown_1.11、knitr_1.21 和 tidyverse_1.2.1。

采用以下示例代码，其中包含我感兴趣的一些文档和块选项，附加我通常使用的所有库（注意我在几个地方添加了“|”以便在 SO 上进行适当的格式化）：

---
title: "Test"
date: 2019-03-11
output: 
  html_document
---
  
  
```{r header, echo= FALSE, include=FALSE, cache = TRUE, warning= FALSE}

attach(mtcars)

library(sf)
library(tidyverse)
library(knitr)
library(summarytools)

opts_chunk$set(echo = FALSE, error = TRUE)

|```

# mtcars dataset heading

## map of car purchases

## cyl variable

```{r} 

kable(descr(cyl))

|```

当我第一次点击 RStudio 上的 Knit 按钮时（没有现有的缓存文件夹），结果符合预期。如果我再次点击 Knit，会发生以下情况：

• 找不到cyl
• kable、descr 都抛出“找不到函数”错误

如果显式调用父包/数据帧，这些问题就会消失。如果cache = FALSE 没有问题。

为什么cache = TRUE 会触发这种行为？对于这个密码本，我想附加最终的数据集，然后为每个变量提供一些摘要。我还想生成几个带有许多变量的sf 映射。我想在这样的标题块中处理所有内容，然后在整个文档中调用各个位。我应该换个思路吗？

顺便说一句，我不太明白为什么有必要在 Rmarkdown 文档上显式地library(knitr)，因为我认为它是“编织”文档的关键包...如果我删除它，opts_chunk 是没找到。

感谢您的帮助！

Answer 1

我相信cache = TRUE 试图缓存在一个块中创建的 R 对象。您的第一个块不仅仅是创建对象：attach 和 require 调用每个都有副作用：修改搜索列表、加载包等。这些副作用不会被缓存，但它们是您所需要的文档工作：由于knitr 认为没有理由再次运行该块，因此您的文档在第二次运行时失败。

您通常使用cache = TRUE 当块进行长时间的慢速计算以生成数据集以供以后绘制或汇总，因为随后的运行可以跳过计算的慢速部分。

你问为什么需要require(knitr)。严格来说，它不是必需的：您可以使用 knitr::opts_chunk 代替。但更重要的是，这个想法是 R Markdown 文档是对独立 R 会话的描述。是的，你需要knitr 来处理它，但它应该给出相同的结果，就好像你只是在一个空会话中单独运行代码一样。 （这并不完全正确：knitr 的块选项和钩子稍微修改了行为，但它是正在发生的事情的一个方便的心理模型。）