Knitr Lyx 问题

Question

我正在努力重新安装 knitr 和 LyX，并着手进行我全新的操作系统设置。我以前工作过。我在 Windows 7 Enterprise 计算机上安装了最新版本的 R (3.0.1)、Knitr 版本 1.3.3、LyX 2.0.6（包括 MiKTex 2.9 发行版）和 RStudio 0.97.551。如果我打开 Lyx 并简单地查看教程，我可以获得 pdflatex 输出，因此基本系统正在运行。

我曾尝试运行 Knitr 中的旧 LyX 文件，但现在它们失败了。最初似乎存在路径问题，因为从未创建过 Rnw 文件。现在它无法转换为pdf，如下面的错误所示，已完成Rnw 文件的创建。

15:34:23.619: Previewing ...
15:34:23.639: (buffer-view: Ctrl+R)
15:34:23.786: Rscript --verbose --no-save --no-restore "C:/Program Files (x86)/LyX      2.0/Resources/scripts/lyxknitr.R" "C:/Users/tbrooks/AppData/Local/Temp/lyx_tmpdir.Hp6600/lyx_tmpbuf2/""knitr-minimal.Rnw" "C:/Users/tbrooks/AppData/Local/Temp/lyx_tmpdir.Hp6600/lyx_tmpbuf2/""knitr-minimal.tex" ISO-8859-15 "C:/Users/tbrooks/Desktop/"
15:34:23.813: The system cannot find the path specified.

Running: Rscript --verbose --no-save --no-restore "C:/Program Files (x86)/LyX   2.0/Resources/scripts/lyxknitr.R"     "C:/Users/tbrooks/AppData/Local/Temp/lyx_tmpdir.Hp6600/lyx_tmpbuf2/""knitr-minimal.Rnw"   "C:/Users/tbrooks/AppData/Local/Temp/lyx_tmpdir.Hp6600/lyx_tmpbuf2/""knitr-minimal.tex"   ISO-8859-15 "C:/Users/tbrooks/Desktop/"
..\..\..\src\support\Systemcall.cpp (273): Systemcall: 'Rscript --verbose --no-save --no-  restore "C:/Program Files (x86)/LyX 2.0/Resources/scripts/lyxknitr.R"   "C:/Users/tbrooks/AppData/Local/Temp/lyx_tmpdir.Hp6600/lyx_tmpbuf2/""knitr-minimal.Rnw"   "C:/Users/tbrooks/AppData/Local/Temp/lyx_tmpdir.Hp6600/lyx_tmpbuf2/""knitr-minimal.tex"   ISO-8859-15 "C:/Users/tbrooks/Desktop/"' finished with exit code 1
Error: Cannot convert file
----------------------------------------
An error occurred while running:
Rscript --verbose --no-save --no-restore "C:/Program Files (x86)/LyX
2.0/Resources/scripts/lyxknitr.R"
"C:/Users/tbrooks/AppData/Local/Temp/lyx_tmpdir.Hp6600/lyx_tmpbuf2/""knitr-m...
15:34:26.700: Error while previewing format: pdf2

如果我使用下面来自 Yihui Xie 的两个示例，它们都无法在 LyX 中编译为 PDF。如果我将Rnw 文件带入R studio 并尝试将其编译为pdf，它适用于knitr-intro.Rnw 在此处找到 (link)，但是当我尝试从LyX 文件创建的knitr-minimal.Rnw 时在opts_chunk 上失败 (here).

任何帮助将不胜感激

更新： Yihui 下面的回答是部分有帮助的。

它通过更改为 knitr 解决了 Rstudio 问题。

它还部分解决了 LyX 问题。我在 LyX 中确实有到 R 的路径，实际上我有这个路径：C:\Program Files\R\R-3.0.1\bin 其中有 R 和 Rscript 可执行文件，但鉴于它是 64 位安装，我需要进一步向下到 C:\Program Files\R\R-3.0.1\bin\x64。

我现在可以运行 R 块，但是我仍然无法编译一些示例。我可以编译knitr-minimal.lyx，但不能编译knitr-graphics.lyx。我猜这可能与字体或 tikzDevice 有关。我会回来报告的。谢谢

UPDATE2：事实上 tikzDevice 不适用于 R 3.0.1，因此解释了该演示的失败。通过 R 中的extrafonts 在我的文件中添加字体后，我又开始营业了。谢谢！

Answer 1

从消息日志中，我猜是R is not in your PATH (also see here)。

对于 RStudio 的问题，我认为这是因为您没有选择 knitr 作为您的 weaving method（默认情况下它使用 Sweave）。